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Quel équipement utiliserait-on pour modifier un virus ?

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Quelqu'un aurait-il l'amabilité de me donner quelques exemples du matériel impliqué lors de la modification d'un virus ? Sinon mon roman risque d'être lu

Eva est entrée dans le laboratoire et a modifié un virus.

Pas beaucoup d'histoire en arrière là-bas!


Je ne suis pas un expert en la matière et j'apprécierais toute modification de ce post. Vous devez d'abord décider quel est votre organisme cible que vous souhaitez infecter (par exemple, des cellules de mammifères, des cellules bactériennes) et en fonction de cela, vous choisissez votre vecteur viral comme indiqué dans cet article. Généralement pour la transfection stable des cellules de mammifères (généralement, vous voulez que le matériel génétique que vous avez introduit persiste entre les divisions cellulaires, d'où la transfection stable) et la transformation (juste une déclaration générale sur le changement de cellules que vous avez introduit, généralement du matériel génétique étranger mais la transformation n'est pas nécessairement la même comme immortaliser quelque chose, ce qui signifie que les cellules n'arrêteront pas de se diviser, c'est-à-dire de devenir des lignées cellulaires ou en général cancéreuses), les scientifiques ont tendance à utiliser des lentivirus, qui sont des rétrovirus, similaires au VIH et ils peuvent même infecter des cellules qui ne se divisent pas (cela devrait donc permettre laissez libre cours à votre imagination !). Une fois que vous avez décidé quel est le meilleur véhicule viral pour cibler vos cellules d'intérêt, vous transfectez essentiellement l'ADN plasmidique (vecteur d'emballage), qui produit le paquet de protéines virales, dans des cellules, dont le travail consiste à produire le virus car ces cellules ont le machinerie cellulaire requise à cette fin. Ces cellules sont souvent des cellules d'encapsidation 293T. Avec l'ADN plasmidique (circulaire), qui produit le paquet viral, vous co-transfectez les cellules d'encapsidation (par exemple 293T) avec un autre plasmide, appelé lenti-vecteur, qui fait ce que vous voulez, comme exprimer une protéine particulière ou microARN ou autre, mais l'idée est que les choses produites par le lenti-vecteur ne devraient pas être toxiques pour la cellule cible (c'est-à-dire les cellules que vous avez l'intention de cibler), à moins que ce ne soit ce que vous voulez qu'il fasse.

Maintenant, comme vous pouvez le voir, vous pouvez jouer avec deux choses ici, d'abord le vecteur d'emballage, pour modifier le comportement du virus si vous le souhaitez. Et deuxièmement, le vecteur lenti-virus, pour produire ce que vous voulez ! Une fois que les cellules d'encapsidation ont fabriqué vos virus, contenant votre lenti-vecteur, le virus est sécrété dans le milieu, dans lequel se trouvent les cellules d'encapsidation, vous devez donc extraire le milieu, congeler le virus et concentrer le virus par centrifugation. Une fois que vous avez le virus, vous pouvez l'utiliser pour transformer les cellules (cibles) que vous souhaitez.

Pour la procédure en laboratoire sur la façon dont vous créez le virus et les équipements que vous utilisez et comment concentrer le virus, veuillez consulter ce lien, bien que ce soit un peu technique. Dans ce cas, le vecteur d'emballage est fuGENE 6 et le lenti-vecteur ou simplement les plasmides d'intérêt sont répertoriés (veuillez noter que je n'approuve aucun des produits mentionnés ici et que je l'utilise simplement comme exemple).

Maintenant, pour fabriquer le plasmide d'emballage (fabrication du virus), vous utilisez souvent le matériel génétique d'un virus et le modifiez par une procédure appelée réaction en chaîne par polymérase (PCR). Il en va de même pour le lenti-vecteur/plasmide car ils sont dérivés de quelque part et changent ensuite dans le temps en utilisant la PCR et les digestions de restriction, ce qui équivaut à un copier-coller de matériel génétique, pour fabriquer les vecteurs et les produits d'intérêt. Une fois que tout est fait, le virus peut infecter les cellules cibles et l'affecter en fonction de sa fonction conçue (définie par les deux vecteurs que j'ai décrits).

Si la réponse ci-dessus ne répond pas à votre question, car elle est actuellement très large, veuillez apporter des précisions supplémentaires à la question afin que je puisse modifier ma réponse en conséquence.


Considérez ceci comme un résumé des réponses précédentes. De plus, j'élabore davantage sur la façon de créer des virus mutés auto-entretenus

Points à considérer avant de penser à travailler avec des virus :

  • Les virus sont pathogènes et le biologiste qui les étudie court un risque d'infection. Le travail viral est toujours effectué dans un environnement protégé à des niveaux de biosécurité élevés.
  • Les virus ont besoin d'un hôte pour survivre. Vous devez cultiver des cellules hôtes ou utiliser un organisme vivant pour propager le virus. Généralement, on opte pour ce dernier uniquement si les méthodes de culture cellulaire sont irréalisables.
  • Presque tous les virus ont un très petit génome (qui peut être répliqué très rapidement), qui peut être soit de l'ADN, soit de l'ARN. Le génome ne contient que très peu de gènes essentiels qui sont responsables de la formation de la capside (coquille externe) du virus et de sa réplication précoce ; la plupart des autres facteurs nécessaires à la propagation sont détournés de l'hôte.

Après avoir identifié et obtenu un hôte approprié, on peut procéder à une manipulation génétique. Les vecteurs lentiviraux décrits par Bez sont essentiellement des virus partiels. Une partie code pour la capside et ne peut pas fabriquer de virus actifs à elle seule, tandis que l'autre détient les gènes de la fonction réplicative. Donc, d'une certaine manière, les vecteurs lentiviraux sont des virus désarmés qui sont utilisés comme outils de biologie moléculaire. Mais ce que vous recherchez est différent.

Pour modifier un virus, vous devez effectuer des mutations dans son génome. Une fois que vous avez identifié les mutations à effectuer, comme mentionné précédemment, la PCR peut être utilisée pour les incorporer. Cette technique est légèrement différente d'une PCR habituelle (pas en principe, cependant) et est appelée mutagenèse dirigée. Pour plus de facilité, il est toujours préférable de cloner (fixer) le génome viral dans un plasmide (ADN circulaire pouvant être propagé dans une bactérie de laboratoire habituelle- E.Coli). Après avoir muté le génome viral, vous pouvez l'exciser du plasmide. Notez que la PCR se fait avec de l'ADN. Pour les virus à ARN, vous devez convertir son génome en une séquence d'ADN avant de passer à la mutagenèse dirigée. La technique classique consisterait à effectuer une transcription inverse de l'ARN viral. Mais de nos jours, la synthèse chimique de l'ADN est devenue assez facile et vous pouvez synthétiser le génome viral entier dans un "tube à essai".

Ceci fait, nous passons à la partie la plus délicate : Comment faire en sorte que ce génome forme un virus actif ?

Certains virus, comme mentionné précédemment, utilisent l'ARN comme génome (poliovirus, rétrovirus, virus du rhume, etc.) tandis que d'autres utilisent l'ADN (variole, variole, herpès, etc.). La mutagenèse, cependant, est effectuée sur l'ADN. Pour les virus à ADN, l'introduction de l'ADN viral dans la cellule hôte, en utilisant les méthodes de transfection conventionnelles, pourrait fonctionner. Pour certains virus à ARN comme le poliovirus, cet ADN doit être transcrit en ARN. Cela peut être fait en utilisant une technique appelée transcription in vitro (IVT) et le produit ARN peut être introduit à l'intérieur de la cellule. IVT ne fonctionnera pas bien pour les ARN longs. Dans de tels cas, vous pouvez utiliser la cellule elle-même pour fabriquer l'ARN au lieu de le faire in vitro. Utilisez un plasmide qui peut transcrire une séquence d'ADN à l'intérieur d'une cellule hôte - c'est assez courant et presque tous les laboratoires de biologie moléculaire auront de tels plasmides. Transfectez ce plasmide à l'intérieur de la cellule hôte et il produira de l'ARN viral, qui à son tour produira des virus actifs.

Les rétrovirus fonctionnent légèrement différemment des autres virus à ARN. Ils ont un génome d'ARN qu'ils convertissent en ADN. Cet ADN s'intègre dans le génome de l'hôte et continue de produire des virus. Pour intégrer un ADN rétroviral, vous avez besoin d'une enzyme codée dans le virus. intégrase. Vous pouvez cloner l'intégrase séparément et la co-transfecter avec l'ADN génomique viral.

Quelques derniers points à considérer :

  • Certains virus tels que les rétrovirus peuvent muter très rapidement naturellement, en raison de leur réplication sujette aux erreurs. Ils peuvent perdre la mutation incorporée à moins que la mutation ne leur procure un avantage tactique (cela est vrai pour tous les organismes).
  • Je partage avec beaucoup d'autres cette opinion selon laquelle ce bioterrorisme ne doit pas être glorifié. Alors prenez soin de bien le présenter :)

Je ne partirais pas d'aussi bas que Bez dans la fabrication de virus. C'est un très très long projet. Il est beaucoup moins fastidieux d'envisager de modifier le virus, car il se produit déjà passivement dans la vie réelle.

Je choisirais l'équipement en fonction des caractéristiques du virus. Je commencerais à développer l'équipement nécessaire pour le projet spécifique, car il n'y a pas de solution toute prête pour ce genre de tâche. L'équipement peut être ciblé pour

  • virus changeant activement (virus à ARN ss(-) et ss(+))
  • le virus ne change pas tellement (ici vous devez penser comment vous déclenchez la mutation ponctuelle et pourquoi).

J'utiliserais les cellules souches iPS comme cible, mais aller aussi loin est un processus encore très très long. Je me concentrerais sur la présentation de l'antigène - encore une fois, de très nombreux facteurs de régulation fine dans les interférons, etc. devraient être pris en compte dans le cas viral particulier - notez que la recherche sur les interférons est maintenant dans une phase active mais précoce. Les interférons sont spécifiques, des parties spécifiques de l'équipement doivent donc exister pour les détecter - par exemple, l'IFN-gamma.

Les virus sont généralement extrêmement difficiles à contrôler - ils existent peu de temps après sous une seule forme. Vous pouvez imaginer à quel point ils deviennent difficiles après les avoir édités dans la vraie vie. Le plan serait donc d'abord de comprendre un virus facile et ses premiers stades de réplication.

Vous pouvez en fait choisir un virus qui subit continuellement des mutations ponctuelles (mutation de dérive) comme le virus de la grippe. Cependant, je choisirais quelque chose qui n'est pas si changeant (pas un virus à ARN). Il n'y a pas de bon équipement pour faire une analyse régulière des changements dans le virus de la grippe. Il faut toujours beaucoup de travail pour reconnaître quelle partie du génome a changé et dans quelle mesure au niveau international. Les vaccins sont fabriqués sur la base de rapports de nombreux pays concernant leur statut de virus de la grippe et leurs génomes.

Un virus à ADN simple avec des mutations ponctuelles très lentes mais fixes dans le temps afin que vous ayez le temps de les rechercher et que vous puissiez estimer quand le prochain changement aura lieu. Il serait également utile de savoir quelle partie du virus va changer (plasmide particulier). Cela rend la recherche beaucoup plus gérable. Une analyse de séries chronologiques suffisante et un groupe de mathématiciens sont également nécessaires pour comprendre différentes données provenant de différentes étapes. En fait, votre tâche est extrêmement vaste.


Un biochimiste explique comment CRISPR peut être utilisé pour lutter contre le COVID-19

L'Organisation mondiale de la santé a déclaré que la meilleure façon de lutter contre ce virus est de tester, tester, tester. Ceci est un appel à l'action pour la biochimiste pionnière, le Dr Jennifer Doudna et ses collègues de l'UC Berkeley. Ils visent à utiliser leurs laboratoires de biologie pour tester jusqu'à 2 000 échantillons par jour. Le Dr Doudna a co-inventé l'outil d'édition de gènes CRISPR, qui, espère-t-elle, l'aidera dans la bataille contre COVID-19.

CHRISTIANE AMANPOUR : Maintenant, l'OMS a déclaré que la meilleure façon de lutter contre ce virus est de tester, tester, tester. Il s'agit d'un appel à l'action lancé par la biochimiste pionnière Jennifer Doudna et ses collègues de l'U.C. Berkeley travaille actuellement, car ils visent à utiliser leurs laboratoires de biologie pour tester jusqu'à 2 000 échantillons par jour. Doudna, co-fondatrice de l'outil d'édition de gènes CRISPR, utilise cette technologie pour essayer de lutter contre COVID-19, comme elle l'explique maintenant à notre Walter Isaacson. Et divulgation complète, bien sûr, Walter écrit actuellement un livre sur Doudna et son travail avec CRISPR.

WALTER ISAACSON : Dr Jennifer Doudna, bienvenue au spectacle.

DR. JENNIFER DOUDNA, UNIVERSITÉ DE CALIFORNIE, BERKELEY : Merci de me recevoir.

ISAACSON : Début mars, lorsque vous avez observé la propagation du coronavirus, vous avez soudainement décidé qu'il était temps pour les scientifiques de passer à l'action. Donc, vous avez pris votre laboratoire de Berkeley et certains des laboratoires environnants dans la région de San Francisco, et vous les avez mobilisés. Dis-moi ce que tu as fait et pourquoi.

DOUDNA : Nous avons tenu une réunion pour discuter de la façon dont les scientifiques de l'U.C. Berkeley et nos institutions environnantes pourraient se réunir et faire face à cette terrible pandémie. Et une chose qui est ressortie de cette réunion était que nous devrions trouver un moyen d'utiliser nos ressources et nos connaissances pour tester le virus. Beaucoup d'entre nous conviennent que l'une des choses les plus importantes à faire en ce moment pour lutter contre la maladie est de comprendre qui est infecté et comment assurer la sécurité des autres.

ISAACSON : Et si vous décidez que vous allez tester, vous faites un test régulier, mais vous devez le faire approuver, n'est-ce pas, par le CDC. Et une fois que vous avez fait cela, que pouvez-vous faire, quoi, 500, 1 000 tests par jour ?

DOUDNA : Il est donc important de comprendre que nous sommes des scientifiques universitaires. Nous ne faisons pas de tests cliniques. Faire des tests cliniques avec des échantillons de patients nécessite l'approbation réglementaire de plusieurs agences. Nous avons donc été sur une voie très rapide pour apprendre, tout d'abord, à quel type de réglementation devons-nous nous conformer ? Comment assurer la conformité ? Et comment former nos scientifiques à travailler en toute sécurité dans ces conditions, et le faire très rapidement ? Nous avons donc eu la chance que l'État de Californie, en vertu de sa déclaration d'urgence, ait facilité l'obtention de l'approbation. La Food and Drug Administration au niveau fédéral a également été très coopérative pour nous aider à le faire. Et par conséquent, nous sommes vraiment sur le point de pouvoir effectuer des tests à haut débit pour les échantillons de patients à l'U.C. Berkeley.

ISAACSON : De nombreux laboratoires d'autres universités sont en train de fermer, comme le reste de l'université. Pensez-vous que ce serait une bonne idée pour les universités de tout le pays d'obtenir la permission de garder leurs laboratoires de biologie ouverts et de les faire passer à cette chose de test, afin que chaque communauté puisse avoir un centre de test à haut débit ?

DOUDNA : Eh bien, je dirais d'abord que, vous savez, nous sommes inspirés par l'Université de Washington. Beaucoup de gens savent peut-être que leurs gens là-bas, les scientifiques, testent des échantillons de patients depuis des semaines. Et ils ont joué un grand rôle, en fait, pour aider à endiguer la propagation du virus SARS-CoV-2 à Seattle et dans une région plus vaste de l'État de Washington. Nous sommes donc inspirés par cela. Je pense qu'il est extrêmement important que les gens travaillent en toute sécurité en ce moment. Nous sommes donc très conscients de devoir utiliser des conditions de laboratoire à faible densité, en veillant à ce que nos scientifiques soient correctement protégés physiquement de tout potentiel d'infection. Mais, oui, je veux dire, je pense qu'au-delà de cela, vous savez, si ces conditions peuvent être remplies, alors je pense que le fait d'avoir des scientifiques qui travaillent en ce moment et qui apportent leur expertise pour lutter contre cette pandémie est très précieux.

ISAACSON : Vous avez dit SARS-CoV-2. Est-ce la même chose que le COVID-19 et le coronavirus dont nous avons parlé ?

DOUDNA : Oui. Alors, faisons une petite vérification terminologique. J'ai donc dû apprendre cela moi-même. Ainsi, le SRAS-CoV-2 fait référence au virus qui est à l'origine de la pandémie actuelle. Les coronavirus sont la famille des virus. C'est la famille de virus à laquelle appartient le SARS-CoV-2. Et COVID-19 est la terminologie pour la maladie que ce virus provoque.

ISAACSON : Vous ferez le type de tests que nous faisons depuis quelques mois, qui n'est qu'un test pour la présence du virus. J'ai remarqué que maintenant, en Grande-Bretagne et ailleurs, ils commencent à faire des tests d'anticorps. Pouvez-vous expliquer la différence?

DOUDNA : Droit. Donc, le test que nous faisons à Berkeley est un test qui examine l'ARN du virus. C'est le matériel génétique qui permet au virus de se répliquer en cas d'infection. Nous utilisons donc un test appelé réaction en chaîne par polymérase qui est approuvé par l'Organisation mondiale de la santé et le CDC. C'est un test standard. Et, surtout, il est capable de détecter la présence du virus très peu de temps après l'infection. Donc, la différence entre ce type de test et ce que vous demandez, ce que nous appelons un test sérologique qui recherche des anticorps contre le virus, c'est que généralement, lorsqu'une personne est exposée au virus et que son corps fabrique des anticorps, il prend du temps pour que cela se produise. Donc, c'est vraiment un test qui s'occupe des faits. Quelqu'un a-t-il été infecté par le virus ? Très utile aussi pour savoir, évidemment, et pour savoir qui est immunisé contre le virus. Mais l'un des défis en ce moment avec ces types de tests, comme je l'ai appris, est que le matériel de test n'est pas assez précis pour assurer la détection du seul virus SARS-CoV-2. À l'heure actuelle, il y a beaucoup de réactivité croisée avec d'autres types de virus. Et, bien sûr, de très nombreux virologues et scientifiques travaillent sur ce problème, et ils vont probablement le régler. Mais je pense que c'est l'un des défis de ces tests en ce moment.

ISAACSON : Il faut quatre à six jours pour obtenir les résultats de certains de ces tests. Seriez-vous capable de le faire en quelques heures ou en une journée ?

DOUDNA : Oui, c'est donc l'objectif principal de notre laboratoire de Berkeley et de l'Innovative Genomics Institute est d'être rapide. Nous avons donc introduit des équipements robotiques à haut débit. Nous avons des entreprises qui nous aident dans la gestion des données, et nous espérons être en mesure de faire 1 000 à 2 000 échantillons par jour lorsque nous aurons — lorsque nous roulons.

ISAACSON : Comme vous le savez, j'écris un livre sur vous et sur la découverte de CRISPR, qui est une technologie d'édition de gènes. Et CRISPR, cette technologie est basée sur une astuce que les bactéries ont découverte au cours de trois milliards d'années pour lutter contre les virus. Pouvez-vous expliquer comment CRISPR fait cela pour les bactéries ?

DOUDNA : Sûr. CRISPR est donc un système immunitaire adaptatif. Il permet aux bactéries de détecter les virus et de se protéger d'une infection future. Et c'est un système qu'une poignée de scientifiques étudiaient. Et puis, il y a quelques années, il a été reconnu que ce système, qui fonctionne comme un système immunitaire, que nous pouvions en fait l'exploiter en tant que technologie pour quelque chose de tout à fait différent, qui est l'édition du génome. Et je pense que c'est un — que j'ai réfléchi à cela pendant cette pandémie. C'est un parallèle fascinant que les bactéries traitent les virus depuis toujours. Ils ont dû trouver des moyens créatifs pour les combattre. Et maintenant nous voici, humains, dans une pandémie face à ce défi. Et donc nous pensons souvent à la façon dont CRISPR peut potentiellement avoir un impact sur cette pandémie d'une manière qui sera bénéfique pour les humains ?

ISAACSON : CRISPR peut-il être utilisé comme outil de détection pour nous aider à détecter le virus en nous-mêmes ?

DOUDNA : C'est donc une utilisation vraiment intéressante des enzymes CRISPR qui tire parti de quelque chose que mon laboratoire a découvert sur leur fonctionnement, à savoir que, dans certains cas, les enzymes sont capables d'interagir avec un morceau d'acide nucléique, qui est de l'ARN ou de l'ADN . Et quand ils font cela, ils activent une activité, une capacité qui permet une grande amplification du signal. Donc, en d'autres termes, pour chaque molécule d'ARN viral détectée, nous pouvons voir de très nombreuses molécules d'un morceau d'acide nucléique rapporteur, comme un petit morceau d'ADN, se couper. Et donc il y a un moyen de le faire, utilisez cette activité, de telle sorte qu'il y ait une grande libération d'un signal chimique qui peut être vu visuellement. Et si vous vous levez au —, vous avez la possibilité d'utiliser ce système CRISPR pour détecter littéralement et ensuite signaler sa détection d'un morceau d'ARN viral très, très rapidement.

ISAACSON : Donc, en d'autres termes, vous pouvez le concevoir de sorte que s'il coupe quelque chose qui est le virus, nous parlons, il brille, il a en quelque sorte un signal phosphorescent ou un certain signal. Cela signifie-t-il que vous pourriez avoir des kits de détection à domicile qui pourraient le faire rapidement ? Et n'importe qui pourrait simplement le regarder de cette façon, ils pourraient faire un test de grossesse, et dire, OK, je l'ai.

DOUDNA : C'est l'idée, absolument. Je pense que c'est une possibilité très intéressante de savoir comment ce système pourrait finalement être utilisé.

ISAACSON : Parlons-nous d'une semaine, d'un mois ou d'un an ?

DOUDNA : Nous ne parlons pas une semaine. Nous parlons peut-être des mois. Nous sommes certainement - je pense que nous sommes - je pense que nous sommes dans moins d'un an. C'est difficile à dire.

ISAACSON : Maintenant, nous avons parlé de détection, comme comment pouvez-vous les tester pour détecter cela. Parlons des traitements pour la seconde. Je sais qu'à Stanford, l'un de vos amis et collègues, Stanley Qi, a mis au point quelque chose qu'il a appelé PAC-MAN, qui est un moyen pour le — d'utiliser un système basé sur CRISPR pour attaquer le virus si quelqu'un est malade. Dites-nous comment cela évolue.

DOUDNA : Oui, c'est donc une autre idée intelligente sur la façon d'utiliser les enzymes CRISPR pour lutter contre l'infection virale. L'idée est de littéralement, comme pour ceux d'entre vous qui se souviennent de Pac-Man, comme je le fais, d'utiliser littéralement des enzymes qui s'attaqueront et couperont et détruiront uniquement l'ARN viral et non les ARN présents dans la normale. cellules. Et c'est donc, je pense, une approche intelligente. Il a été testé en laboratoire. Et il y a de l'espoir que cela ressemble à ça, techniquement, cela pourrait fonctionner. Je pense que le défi est de savoir comment transmettre cela à un patient ? Comment entrer dans les cellules infectées ?

ISAACSON : Et donc, si vous vouliez entrer dans des cellules infectées, vous deviez avoir un mécanisme de livraison. Quels sont les mécanismes de livraison ?

DOUDNA : Eh bien, c'est très difficile, car en —, l'infection par ce virus implique une infection pulmonaire. Et nous aurions donc besoin d'un moyen de fournir ces enzymes CRISPR dans les cellules pulmonaires. Et c'est quelque chose qui est très difficile en ce moment. Heureusement, Innovative Genomics s'efforce de faire exactement cela dans un but différent, à savoir le traitement de la mucoviscidose, une maladie pulmonaire sur laquelle nous pensons que la technologie CRISPR pourrait éventuellement avoir un impact.

ISAACSON : Donc, l'idée que ces enzymes CRISPR pourraient couper et couper et détruire le virus COVID-19 dans les poumons de quelqu'un, permettez-moi de poser la même question. C'est dans des mois, des années ?

DOUDNA : Probablement des années, honnêtement. Je pense que nous essayons d'accélérer le rythme de ce genre de test. Mais, comme vous le savez peut-être, ce genre de test nécessiterait d'aller sur des patients humains et de passer par des essais cliniques de phase un, phase deux, phase trois. C'est donc réaliste, c'est des années.

ISAACSON : Une autre chose que CRISPR pourrait faire, en théorie, serait de modifier nos propres gènes, afin que nos cellules n'aient pas de récepteurs permettant à un virus particulier d'entrer. Est-ce une possibilité ?

DOUDNA : Eh bien, c'est une possibilité dans un avenir lointain, je dirais. Ce n'est certainement pas quelque chose qui sera, je pense, efficace dans cette pandémie particulière. L'un des défis à relever en adoptant cette approche est qu'il faut tout d'abord savoir quel récepteur cibler. Et nous le savons pour le virus SARS-CoV-2. Mais lorsque nous parlons d'un récepteur pour un virus, nous parlons d'une protéine normale qui se trouve à la surface d'une cellule humaine. Et, comme vous pouvez l'imaginer, cela pourrait être problématique d'essayer de le supprimer. C'est probablement là pour une raison. C'est donc une chose. Mais il y a aussi le problème, comme nous venons d'en parler pour l'approche Pac-Man, qu'il faut comprendre la livraison et comment cibler les protéines CRISPR vers les cellules où elles pourraient créer des changements protecteurs. Et je pense que c'est, encore une fois, quelque chose qui va prendre des années à se développer.

ISAACSON : Nous disons que cela prendra des années. N'avons-nous pas eu un cas de renommée mondiale il y a un an et demi où un scientifique chinois, He Jiankui, a fait cela pour le récepteur du virus VIH d'une cellule, mais il a pu modifier les embryons d'enfants, donc ils n'avaient plus ce récepteur et ne pouvaient pas attraper le VIH ? Donc, vous dites que c'est loin, mais c'est déjà fait pour un récepteur, n'est-ce pas ?

DOUDNA : D'ACCORD. Eh bien, il y a beaucoup de façons de répondre à cette question. Tout d'abord, je pense que l'éthique de cette étude était, malheureusement, très imparfaite. Et cette étude a été assez catégoriquement condamnée par la communauté internationale. Au-delà de cela, je dirais que faire n'importe quel type d'édition d'embryons est tout simplement impraticable pour de multiples raisons, à la fois techniques et éthiques. Et, enfin, il faudrait savoir à l'avance quelles protéines cibler. Dans le cas du VIH, nous connaissons les protéines réceptrices de l'infection par le VIH, mais, pour la plupart des virus, ou certainement pour les virus émergents à l'avenir, nous ne pouvons pas nécessairement prédire.

ISAACSON : Lorsque vous avez mis sur pied un consortium qui comprend diverses universités, organisations philanthropiques et fondations, avez-vous, dans ce cas, dit que nous allions avoir un ensemble de règles légèrement différent concernant « la mesure dans laquelle nous allons essayer d'en tirer profit ou de l'utiliser de manière propriétaire, et de le partager à la place ?

DOUDNA : Oui, en fait, cela a été un sujet de discussion très actif, car je pense que de nombreux scientifiques, moi y compris, nous ne voulons pas être, nous n'avons aucun désir d'en tirer profit financièrement. Nous voulons vraiment apporter notre expertise. Et nous ne cherchons pas à en tirer profit. Nous travaillons avec des responsables universitaires pour voir si nous pouvons publier une déclaration sur la façon dont la propriété intellectuelle sera gérée pour cette pandémie, comment nous pouvons faire des découvertes qui vont venir de cette grande équipe de personnes qui travaillent maintenant sur le problème , ouvertement disponible, afin qu'il puisse être développé très rapidement. Et je suis optimiste quant au fait que nous allons pouvoir le faire assez rapidement. Alors restez à l'écoute. Nous espérons faire une annonce à ce sujet à court terme.

ISAACSON : Dr Jennifer Doudna, merci d'être parmi nous ce soir.


Centrifugation

Introduction

La centrifugation est une méthode de séparation de molécules ayant des densités différentes en les faisant tourner en solution autour d'un axe (dans un rotor de centrifugeuse) à grande vitesse. C'est l'une des techniques les plus utiles et les plus fréquemment utilisées dans le laboratoire de biologie moléculaire. La centrifugation est utilisée pour collecter des cellules, précipiter l'ADN, purifier les particules virales et distinguer des différences subtiles dans la conformation des molécules. La plupart des laboratoires qui entreprennent des recherches actives auront plus d'un type de centrifugeuse, chacune capable d'utiliser une variété de rotors. De petites centrifugeuses de table peuvent être utilisées pour culotter des cellules ou pour collecter des brins d'ADN pendant la précipitation à l'éthanol. Les ultracentrifugeuses peuvent être utilisées pour grouper l'ADN plasmidique dans un gradient de chlorure de césium ou pour différencier diverses structures d'ADN répliquant dans un gradient de saccharose.


Comment le virus de la grippe peut changer : « Drift » et « Shift »

Les virus de la grippe sont en constante évolution. Ils peuvent changer de deux manières différentes.

Dérive antigénique

L'une des manières dont les virus de la grippe changent s'appelle la « dérive antigénique ». Les protéines de surface HA et NA des virus de la grippe sont des « antigènes », ce qui signifie qu'elles sont reconnues par le système immunitaire et sont capables de déclencher une réponse immunitaire, notamment la production d'anticorps capables de bloquer l'infection. Les changements associés à la dérive antigénique se produisent continuellement au fil du temps à mesure que le virus se réplique. La plupart des vaccins contre la grippe sont conçus pour cibler les protéines/antigènes de surface du virus de la grippe HA. Le vaccin antigrippal par pulvérisation nasale (LAIV) cible à la fois l'HA et la NA d'un virus de la grippe.

Les petits changements qui se produisent à partir de la dérive antigénique produisent généralement des virus étroitement liés les uns aux autres, ce qui peut être illustré par leur localisation rapprochée sur un arbre phylogénétique. Les virus de la grippe qui sont étroitement liés les uns aux autres ont généralement des propriétés antigéniques similaires. Cela signifie que les anticorps que votre système immunitaire crée contre un virus de la grippe reconnaîtront et répondront probablement aux virus de la grippe antigéniquement similaires (c'est ce qu'on appelle la &ldquocross-protection&rdquo).

Cependant, les petits changements associés à la dérive antigénique peuvent s'accumuler au fil du temps et donner lieu à des virus antigéniquement différents (plus loin sur l'arbre phylogénétique). Il est également possible qu'un seul (ou petit) changement à un endroit particulièrement important sur l'AH entraîne une dérive antigénique. Lorsqu'une dérive antigénique se produit, le système immunitaire du corps peut ne pas reconnaître et prévenir les maladies causées par les nouveaux virus de la grippe. En conséquence, une personne redevient sensible à l'infection grippale, car la dérive antigénique a suffisamment modifié le virus pour qu'une personne anticorps existante reconnaisse et neutralise les nouveaux virus de la grippe.

La dérive antigénique est la principale raison pour laquelle les gens peuvent contracter la grippe plus d'une fois, et c'est également la principale raison pour laquelle la composition du vaccin antigrippal doit être revue et mise à jour chaque année (au besoin) pour suivre l'évolution des virus de la grippe.

Changement antigénique

L'autre type de changement est appelé "changement antigénique". Le changement antigénique est un changement brusque et majeur dans un virus de la grippe A, résultant en de nouvelles protéines HA et/ou de nouvelles protéines HA et NA dans les virus de la grippe qui infectent les humains. Le changement peut entraîner l'apparition d'un nouveau sous-type de grippe A chez l'homme. Un changement peut se produire lorsqu'un virus de la grippe provenant d'une population animale acquiert la capacité d'infecter les humains. De tels virus d'origine animale peuvent contenir une combinaison HA ou HA/NA qui est si différente du même sous-type chez l'homme que la plupart des gens n'ont pas d'immunité contre le nouveau (par exemple, nouveau) virus. Un tel &ldquoshift&rdquo s'est produit au printemps 2009, lorsqu'un virus H1N1 avec des gènes de porcs d'Amérique du Nord, d'Eurasie, d'humains et d'oiseaux a émergé pour infecter les humains et se propager rapidement, provoquant une pandémie. Lorsque le changement se produit, la plupart des gens ont peu ou pas d'immunité contre le nouveau virus.

Alors que les virus de la grippe changent tout le temps en raison de la dérive antigénique, le changement antigénique se produit moins fréquemment. Les pandémies de grippe se produisent très rarement, il y a eu quatre pandémies au cours des 100 dernières années. Pour plus d'informations, voir Grippe pandémique. Les virus de type A subissent à la fois une dérive et un déplacement antigéniques et sont les seuls virus grippaux connus pour provoquer des pandémies, tandis que les virus grippaux de type B ne changent que par le processus plus progressif de dérive antigénique.


Virus à ARN

Les virus à ARN ont de l'ARN pour leur acide nucléique. Ils font tout ce que font les virus à ADN et plus encore. On les appelle aussi rétrovirus parce qu'ils fonctionnent « à l'envers » par rapport à la façon dont les cellules et les virus à ADN le font. Les cellules et les virus à ADN ont de l'ADN, qu'ils utilisent pour fabriquer de l'ARN. Les virus à ARN ont de l'ARN et l'utilisent pour fabriquer de l'ADN. Cela conduit à une capacité vraiment époustouflante : l'ADN produit par ces virus peut s'incorporer de façon permanente à l'ADN des cellules hôtes, un processus appelé transduction. Cela signifie que lorsque les cellules infectées se reproduisent, elles portent automatiquement l'ADN viral et produisent automatiquement de nouveaux paquets viraux. Les rétrovirus sont responsables de certaines infections à très long terme, à développement lent et incurables chez les êtres humains et les animaux, notamment le VIH, la leucémie féline et le FIV. Les infections rétrovirales sont généralement plus difficiles à détecter que les infections virales à ADN, car elles nécessitent généralement un contact entre les cellules hôtes remaniées de manière virale et la circulation sanguine d'un nouvel hôte.


Introduction aux virus

En 1898, Friedrich Loeffler et Paul Frosch ont trouvé des preuves que la cause de la fièvre aphteuse chez le bétail était une particule infectieuse plus petite que n'importe quelle bactérie. Ce fut le premier indice sur la nature des virus, des entités génétiques qui se situent quelque part dans la zone grise entre les états vivants et non vivants.

Les virus dépendent des cellules hôtes qu'ils infectent pour se reproduire. When found outside of host cells, viruses exist as a protein coat or capside, sometimes enclosed within a membrane. The capsid encloses either DNA or RNA which codes for the virus elements. While in this form outside the cell, the virus is metabollically inert examples of such forms are pictured below.

When it comes into contact with a host cell, a virus can insert its genetic material into its host, literally taking over the host's functions. An infected cell produces more viral protein and genetic material instead of its usual products. Some viruses may remain dormant inside host cells for long periods, causing no obvious change in their host cells (a stage known as the lysogenic phase). But when a dormant virus is stimulated, it enters the lytic phase: new viruses are formed, self-assemble, and burst out of the host cell, killing the cell and going on to infect other cells. The diagram below at right shows a virus that attacks bacteria, known as the lambda bacteriophage, which measures roughly 200 nanometers.

Viruses cause a number of diseases in eukaryotes. In humans, smallpox, the common cold, chickenpox, influenza, shingles, herpes, polio, rabies, Ebola, hanta fever, and AIDS are examples of viral diseases. Even some types of cancer -- though definitely not all -- have been linked to viruses.

Viruses themselves have no fossil record, but it is quite possible that they have left traces in the history of life. It has been hypothesized that viruses may be responsible for some of the extinctions seen in the fossil record (Emiliani, 1993). It was once thought by some that outbreaks of viral disease might have been responsible for mass extinctions, such as the extinction of the dinosaurs and other life forms. This theory is hard to test but seems unlikely, since a given virus can typically cause disease only in one species or in a group of related species. Even a hypothetical virus that could infect and kill all dinosaurs, 65 million years ago, could not have infected the ammonites or foraminifera that also went extinct at the same time.

On the other hand, because viruses can transfer genetic material between different species of host, they are extensively used in genetic engineering. Viruses also carry out natural "genetic engineering": a virus may incorporate some genetic material from its host as it is replicating, and transfer this genetic information to a new host, even to a host unrelated to the previous host. Ceci est connu comme transduction, and in some cases it may serve as a means of evolutionary change -- although it is not clear how important an evolutionary mechanism transduction actually is.

The image of influenza virus was provided by the Department of Veterinary Sciences of the Queen's University of Belfast. The tobacco mosaic virus picture was provided by the Rothamstead Experimental Station. Both servers have extensive archives of virus images.

The Institute for Molecular Virology of the University of Wisconsin has a lot of excellent information on viruses, including news, course notes, and some magnificent computer images and animations of viruses.

The Cells Alive! website includes information on the sizes of viral particles and an article on the mechanisms of HIV infection.


Mutation

A change in the sequence of bases in DNA or RNA is called a mutation. Does the word mutation make you think of science fiction and bug-eyed monsters? Think again. Everyone has mutations. In fact, most people have dozens or even hundreds of mutations in their DNA. Mutations are essential for evolution to occur. They are the ultimate source of all new genetic material - new allèles - in a species. Although most mutations have no effect on the organisms in which they occur, some mutations are beneficial. Even harmful mutations rarely cause drastic changes in organisms.

Types de mutations

There are a variety of types of mutations. Two major categories of mutations are germline mutations and somatic mutations.

  • Germline mutations occur in gametes. These mutations are especially significant because they can be transmitted to offspring and every cell in the offspring will have the mutation.
  • Somatic mutations occur in other cells of the body. These mutations may have little effect on the organism because they are confined to just one cell and its daughter cells. Somatic mutations cannot be passed on to offspring.

Mutations also differ in the way that the genetic material is changed. Mutations may change the structure of a chromosome or just change a single nucleotide.

Chromosomal Alterations

Chromosomal alterations are mutations that change chromosome structure. They occur when a section of a chromosome breaks off and rejoins incorrectly or does not rejoin at all. Possible ways these mutations can occur are illustrated in Chiffre au dessous de. Go to this link for a video about chromosomal alterations: http://www.youtube.com/watch?v=OrXRSqa_3lU (2:18).

Chromosomal Alterations. Chromosomal alterations are major changes in the genetic material.

Chromosomal alterations are very serious. They often result in the death of the organism in which they occur. If the organism survives, it may be affected in multiple ways. An example of a human chromosomal alteration is the mutation that causes Down Syndrome. It is a duplication mutation that leads to developmental delays and other abnormalities.

Mutations ponctuelles

UNE point de mutation is a change in a single nucleotide in DNA. This type of mutation is usually less serious than a chromosomal alteration. An example of a point mutation is a mutation that changes the codon UUU to the codon UCU. Point mutations can be silent, missense, or nonsense mutations, as shown in Table au dessous de. The effects of point mutations depend on how they change the genetic code. You can watch an animation about nonsense mutations at this link:www.biostudio.com/d_%20Nonsen. 20Mutation.htm.

Taper La description Exemple Effet
Silencieux mutated codon codes for the same amino acid CAA (glutamine) &rarr CAG (glutamine) rien
Missense mutated codon codes for a different amino acid CAA (glutamine) &rarr CCA (proline) variable
Nonsense mutated codon is a premature stop codon CAA (glutamine) &rarr UAA (stop) usually serious

Mutations de décalage de cadre

UNE mutation de décalage de cadre is a deletion or insertion of one or more nucleotides that changes the en train de lire Cadre of the base sequence. Deletions remove nucleotides, and insertions add nucleotides. Consider the following sequence of bases in RNA:

Now, assume an insertion occurs in this sequence. Let&rsquos say an UNE nucleotide is inserted after the start codon AOT:

Even though the rest of the sequence is unchanged, this insertion changes the reading frame and thus all of the codons that follow it. As this example shows, a frameshift mutation can dramatically change how the codons in mRNA are read. This can have a drastic effect on the protein product.


The Lytic and Lysogenic Cycles of Bacteriophages

Bacteriophages, viruses that infect bacteria, may undergo a lytic or lysogenic cycle.

Objectifs d'apprentissage

Describe the lytic and lysogenic cycles of bacteriophages

Points clés à retenir

Points clés

  • Viruses are species specific, but almost every species on Earth can be affected by some form of virus.
  • The lytic cycle involves the reproduction of viruses using a host cell to manufacture more viruses the viruses then burst out of the cell.
  • The lysogenic cycle involves the incorporation of the viral genome into the host cell genome, infecting it from within.

Mots clés

  • latency: The ability of a pathogenic virus to lie dormant within a cell.
  • bacteriophage: A virus that specifically infects bacteria.
  • lytic cycle: The normal process of viral reproduction involving penetration of the cell membrane, nucleic acid synthesis, and lysis of the host cell.
  • lysogenic cycle: A form of viral reproduction involving the fusion of the nucleic acid of a bacteriophage with that of a host, followed by proliferation of the resulting prophage.

Different Hosts and Their Viruses

Viruses are often very specific as to which hosts and which cells within the host they will infect. This feature of a virus makes it specific to one or a few species of life on earth. So many different types of viruses exist that nearly every living organism has its own set of viruses that try to infect its cells. Even the smallest and simplest of cells, prokaryotic bacteria, may be attacked by specific types of viruses.

Bacteriophage: This transmission electron micrograph shows bacteriophages attached to a bacterial cell.

Bacteriophages

Bacteriophages are viruses that infect bacteria. Bacteriophages may have a lytic cycle or a lysogenic cycle, and a few viruses are capable of carrying out both. When infection of a cell by a bacteriophage results in the production of new virions, the infection is said to be productive.

Lytic versus lysogenic cycle: A temperate bacteriophage has both lytic and lysogenic cycles. In the lytic cycle, the phage replicates and lyses the host cell. In the lysogenic cycle, phage DNA is incorporated into the host genome, where it is passed on to subsequent generations. Environmental stressors such as starvation or exposure to toxic chemicals may cause the prophage to excise and enter the lytic cycle.

Lytic Cycle

With lytic phages, bacterial cells are broken open (lysed) and destroyed after immediate replication of the virion. As soon as the cell is destroyed, the phage progeny can find new hosts to infect. An example of a lytic bacteriophage is T4, which infects E. coli found in the human intestinal tract. Lytic phages are more suitable for phage therapy.

Some lytic phages undergo a phenomenon known as lysis inhibition, where completed phage progeny will not immediately lyse out of the cell if extracellular phage concentrations are high.

Lysogenic Cycle

In contrast, the lysogenic cycle does not result in immediate lysing of the host cell. Those phages able to undergo lysogeny are known as temperate phages. Their viral genome will integrate with host DNA and replicate along with it fairly harmlessly, or may even become established as a plasmid. The virus remains dormant until host conditions deteriorate, perhaps due to depletion of nutrients then, the endogenous phages (known as prophages) become active. At this point they initiate the reproductive cycle, resulting in lysis of the host cell. As the lysogenic cycle allows the host cell to continue to survive and reproduce, the virus is reproduced in all of the cell’s offspring. An example of a bacteriophage known to follow the lysogenic cycle and the lytic cycle is the phage lambda of E. coli.

Latency Period

Viruses that infect plant or animal cells may also undergo infections where they are not producing virions for long periods. An example is the animal herpes viruses, including herpes simplex viruses, which cause oral and genital herpes in humans. In a process called latency, these viruses can exist in nervous tissue for long periods of time without producing new virions, only to leave latency periodically and cause lesions in the skin where the virus replicates. Even though there are similarities between lysogeny and latency, the term lysogenic cycle is usually reserved to describe bacteriophages.


Compound Microscopes

B. Magnification, Resolution, and Working Distance

Magnification is simply a function of making an object appear bigger, such as when we use a hand lens to enlarge printed word. Merely magnifying an object without a simultaneous increase in the amount of detail seen will not provide the viewer with a good image. The ability of a microscope (or eye) to see detail is a function of its resolving power . Resolving power is defined as the minimum distance between two objects at which the objects can just be distinguished as separate and is a function of the wavelength of light used and the quality of the optics. In general, the shorter the wavelength of the light source, the higher the resolution of the microscope.

Working distance is the distance between the objective lens and the specimen. At low magnification the working distance is relatively long. As you increase the magnification the working distance decreases dramatically. Oil immersion lenses pactically touch the specimen. Be aware of this change in working distance with increasing magnification so as to prevent damage to your specimens.

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C. Parts of the Monocular Compound Light Microscope:

Please take time to familiarize yourself with your microscope and its proper use. The controls of the two makes of microscopes we use in our courses are shown below (Fig. 2).

  • iris diaphragm : Look for a lever just under the stage near the front.
  • dial type : Just below the stage is a rotating dial having different size apertures (holes) this type is useful for creating a pseudo dark field effect.

Our scopes are parfocal which means that when you switch from low (100x) to high (430x) power, a focused image at low power will remain more or less in focus at the higher power. Most likely you'll have to readjust the fine focus and diaphragm slightly.

F. Oil Immersion Procedure

On some of our monocular, and all of the binocular compound microscopes, we have 100x oil immersion lenses. These can be identified by a red band around the lens housing. At magnifications greater than about 500x light is refracted too much as it passes through air to yield good resolving power. Thus, optics for these higher magnifications are made to use with a high grade mineral oil as the medium for transmitting light. It is imperative that you use only immersion oil and that you clean the lens thoroughly with lens paper after each use.

1. Locate the region of interest on your slide and center it at 430x.

2. Raise the objective lens to its limit (i.e., maximize the distance between stage and objectives) and swing the lens out of the way about half way to the next position.

3. Carefully place a small drop of immersion oil directly on the slide over the center of the region of interest.

4. Rotate the oil immersion objective into position and, carefully, while looking from the side, lower it using the coarse focus knob until the lens just makes contact with the oil drop. You will see the drop leap up into a column as the contact is made.

5. Lower the lens a smidgen more and then, using the fine focus and looking through the ocular lens, focus on the specimen.

6. When done, clean lens with lens paper until no more oil comes off and clean slide if it is to be saved.

G. Determining Field-of-View Diameter

You may wish to estimate the size of the specimens (e.g., cells) you will see in lab. The best way to do this is with an ocular micrometer, a precision ocular lens insert that has a ruler etched into glass. The monocular scopes we use in the introductory courses are not so equipped, so we will use an alternative method based upon knowing the field-of-view diameter for your particular microscope. To do this, you must determine:

  • the approximate diameter of your low magnification field-of-view for your particular microscope.
  • the total magnification for each of your other objective lenses.

Knowing this for each objective lens, you can compare the size of the specimen against the known field diameter and make a reasonable esimate of size. This technique works for any microscope.

1. Obtain a slide scale and position it on your scope. A transparent metric ruler will work as well.

2. Bring it into focus using the 10x objective (100x total). The scale bars are increments of 1mm as shown in the figure below. Thus, a black bar = 0.5mm as does a space.

3. Move the slide such that the edge of an outside black bar is just tangent to the lighted field (see point "A" above).

4. Starting at that edge, estimate how many bars and spaces it takes to cross the field-of-view. You will probably have to estimate the last fraction of a space or bar. For most of our microscopes it is approximately 1.8 -2.0 mm wide. You must check this on any microscope you use that does not have an ocular micrometer.

5. Record your scope's ID number and field diameter at 100x in your lab notebook for future reference.

6. Next, calculate the field width at 430x total magnification using the following formula (we refer to the 100x mag as "low power" and 430x as "high power"):

(low power mag/ high power mag) x low power field diameter (in mm)

For example, suppose you determine that the 100x field diameter is 1.8 mm, at 430x, the field diameter would be:

(100 / 430) x 1.8 mm = 0.418 mm = 418 u m (micrometers)

Note that the field diameter at high power is proportional to the ratio of the low to high power objectives. That is, as you increase magnification, the actual field of view becomes proportionally smaller.

H. Binocular Compound Light Microscopes

Parts of the light Microscope

1. Ocular lens or eyepiece : ours are 10x magnification. The scopes we will use are binocular (two eyepieces).

2. Body tube: contains mirrors and prisms which direct the image to the ocular lenses.

3. Nosepiece : holds the objective lenses, rotates

4. Objective lenses : usually 3-4 on our scopes, 4x, 10x, 43x, 100x oil immersion (red banding). Total magnification = ocular power x objective power. Most of our binocs have fixed position lenses--the stage moves up and down rather then the lens.

5. Stage : Movable platform on which slides are mounted for viewing all of our scopes have mechanical stages with X,Y vernier scales. Focus knobs move the stage up and down.

6. Condensor : A substage lens which focus the light on the specimen. Our binocs have condensors that move up and down to focus the light beam.

7. Iris Diaphragm : the diaphragm is located just below the stage and controls the amount of light which passes to the specimen and can drastically affect the focus of the image.

8. Focusing knobs: outermost is the fine focus and innermost is the coarse focus. On the binocs these knobs control up/down movement of the stage.

9. Light source: our scopes have built in light sources. The rheostat ON/OFF switch is located either on the scope or on the external power supply and is used to regulate light intensity.

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I. Focusing Procedure: Binocular Compound Microscopes

1. Turn on the light source. Binoc scopes have either a built in unit or an external power supply.

2. Switch to the 10x objective lens.

3. Adjust the coarse focus to raise the nose piece (or lower the stage).

4. Clip the specimen slide on the stage in the proper position.

5. Look at the ocular lenses of your scope. One lens is fixed and the other has a focusing ring (like a pair of binoculars). Bring the lens as close to the slide as possible, then, looking only through the fixed ocular lens, back off until the specimen just comes into focus. Adjust fine focus similarly for the fixed lens.

6. Now, looking only through the adjustable ocular, adjust its focus using the focus ring around the lens. Look with both eyes (adjust for interpupillary distance to see a single round lighted field) and make any minor adjustments to focus.

7. Center the image and adjust the light using the condensor lens, iris diaphragm and light source rheostat.

8. Recenter and adjust focus, first coarse, then fine focus as in 5.

9. Readjust diaphragm as needed.

10.Now switch objectives to a higher power. Readjust fine focus and light (diaphragm) as needed.

Our scopes are parfocal which means that when you switch from low to high power, a focused image at low power will remain more or less in focus at the higher power. Most likely you'll have to readjust the fine focus and diaphragm slightly (increase light at higher powers.


Yes, COVID-19 is mutating, here's what you need to know

COVID-19 developed small mutations that accumulated into distinct versions.

As the virus that causes COVID-19 traveled out of China and proliferated across the globe, it developed small mutations that accumulated into distinct versions of the virus. Scientists can now tell these versions apart by peering into the viral genome.

For example, here in the United States, there is the "West Coast" version of the virus that came directly from Asia, and a slightly different "East Coast" version which traveled through Europe.

But is one version of coronavirus more dangerous than the other? And should we be afraid of these new mutations?

The short answer according to virologists, is no.

Viruses are constantly copying themselves, so it's rather frequent that some of those copies will have mistakes, or mutations. These mutations are neither inherently good nor bad and are random.

So far, the novel coronavirus responsible for the global pandemic is mutating normally as virologists expected to see based on their experience with other similar viruses.

"Viruses mutate," said Dr. Nels Elde, Ph.D., associate professor of human genetics at the University of Utah. "That's one of the things that makes them such a successful entity."

"The word 'mutation' to people means something bad because it's got that connotation to it," said Dr. Vincent Racaniello, Ph.D., Higgins professor of microbiology and immunology at Mt. Sinai School of Medicine of CUNY.

"It simply means a change in the genome sequence. It doesn't mean that it's necessarily bad for you at all," Racaniello said. "Plants grow in the spring. Viruses mutate. It's no big deal."

Tune into ABC at 1 p.m. ET and ABC News Live at 4 p.m. ET every weekday for special coverage of the novel coronavirus with the full ABC News team, including the latest news, context and analysis.

But as scientists across the globe learn more about these mutations, many have been eager to use these discoveries to decipher whether the virus is becoming more or less dangerous.

For example, in early March a group of scientists in China identified two different types of the virus, the L-type and the S-type. The L-type was found to be more widespread, leading to early speculation that the virus had evolved into a more infectious version of itself.

More recently, similar research out of Los Alamos National Laboratory in the United States which has not been peer reviewed identified a common mutation in the virus that began spreading in Europe in early February. The scientists suggested this mutation may have helped the virus spread faster and farther because it is inherently more infectious, generating breathless news coverage about a dangerous "mutant" virus.

But another group of scientists from Arizona State University arrived at a nearly opposite interpretation of the mutations they discovered. Their research led them to believe the virus might become weaker and die off, just like the 2003 SARS outbreak.

So far, the speculation about the virus' infectiousness are guesses, said Racaniello. He said there is no iron-clad evidence that these mutations have made any one version of the virus more contagious, deadlier or more resistant to potential therapies.



Commentaires:

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