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Pourquoi est-ce que je vois le monde en bleu quand j'ouvre les yeux ?

Pourquoi est-ce que je vois le monde en bleu quand j'ouvre les yeux ?


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Je me tenais donc dehors, attendant le train. J'étais fatigué alors j'ai fermé les yeux pendant un moment. Ensuite, quand je les ai ouverts, le monde était beaucoup plus bleu qu'il ne l'est normalement - pourquoi est-ce ? Je l'ai essayé plusieurs fois pour être sûr que ce n'était pas juste une erreur, ce qui l'a confirmé, car le monde continuait à être bleu (bien sûr, pas permanent, il revient lentement aux couleurs "normales").

J'apprécierais une explication simple, car je ne suis pas un étudiant en biologie ou en physique. Je n'ai qu'une compréhension très basique des deux sujets. Merci d'avance!


Les personnes déprimées voient vraiment un monde gris

Le monde semble vraiment gris pour les personnes déprimées, du moins à un niveau subconscient, suggèrent de nouvelles recherches.

Des chercheurs de l'Université de Fribourg en Allemagne avaient déjà montré que les personnes souffrant de dépression ont des difficultés à détecter les différences de contraste noir et blanc. Mais les scientifiques avaient utilisé une mesure quelque peu subjective - des tests psychophysiques - et d'autres sur le terrain avaient suggéré que les personnes déprimées avaient peut-être plus de mal à retenir leur attention et cela expliquait les résultats.

La nouvelle étude, publiée dans la revue Biological Psychiatry, repose sur une mesure objective de la rétine, suggérant que les personnes déprimées peuvent voir le monde d'une manière différente des non-déprimés.

"Ces données mettent en évidence les manières profondes dont la dépression modifie l'expérience du monde", a déclaré le Dr John Krystal, rédacteur en chef de la revue. "Le poète William Cowper a dit que" la variété est le piment même de la vie ", mais lorsque les gens sont déprimés, ils sont moins capables de percevoir les contrastes dans le monde visuel. Cette perte semblerait rendre le monde moins agréable."

Test de vision

L'équipe de recherche avait 40 patients souffrant de dépression majeure et 40 personnes en bonne santé visualisaient une séquence de cinq damiers en noir et blanc de différents contrastes. Chaque damier clignotait (avec un carré noir devenant blanc et blanc devenant noir) 12 fois par seconde sur un écran d'ordinateur.

Pendant ce temps, les chercheurs ont utilisé une mesure objective appelée électrorétinogramme de modèle, qui est similaire à un électrocardiogramme (ECG) de la rétine de l'œil. L'ECG de la rétine montre la réponse des neurones à l'intérieur des cellules rétiniennes. "Ce n'est pas une vision consciente, c'est beaucoup plus tôt que vous ne percevez consciemment quelque chose, en quelques millisecondes", a déclaré le chercheur principal, le Dr Ludger Tebartz van Elst.

Les patients déprimés avaient des réponses rétiniennes considérablement plus faibles aux différents contrastes en noir et blanc que les individus en bonne santé. Les résultats ont tenu indépendamment du fait que les patients prenaient ou non des antidépresseurs.

Étant donné que la vision consciente n'a pas été mesurée, les chercheurs ne peuvent pas dire avec certitude si les patients seraient conscients de la "déficience" visuelle dans le monde réel, bien qu'ils soupçonnent que ce serait le cas.

Comment fonctionne l'œil déprimé

Bien que les chercheurs ne sachent pas exactement pourquoi les personnes déprimées pourraient en quelque sorte « voir le monde comme gris », ils ont une hypothèse solide. Voici comment ils pensent que cela fonctionne : la vision de contraste repose sur des cellules dites amacrines dans la rétine, qui relient horizontalement les neurones de la rétine appelés cellules ganglionnaires entre eux. Ces cellules dépendent de la dopamine, une substance connue pour être importante pour la motivation et l'attention et en cas d'absence, deux symptômes principaux de la dépression.

"Nous pensons que la rétine est une sorte de marqueur avancé de l'intégrité du système dopaminergique dans l'ensemble du cerveau", a déclaré van Elst. La dopamine est donc liée à la fois à la vision et à la dépression.

La découverte a de nombreuses implications pratiques, a déclaré van Elst, notamment en tant qu'indicateur de l'efficacité des médicaments antidépresseurs. De plus, le test pourrait fournir une mesure objective de la dépression, car les tests cliniques ne sont pas toujours fiables.

"C'est vraiment incroyable que nous soyons capables de distinguer les témoins sains des patients déprimés. Cela signifie que nous avons un marqueur objectif pour essentiellement l'état subjectif de la dépression", a déclaré van Elst à LiveScience.

Les scientifiques de l'étude ont noté que bien que ces résultats soient solides, ils doivent encore être reproduits dans d'autres études.


Le modèle/avatar est transparent de face, ou semble que les faces visibles du modèle sont à l'envers [ modifier | modifier la source]

Vous devez inverser les "normales" de tout polygone qui ne fait pas face à la bonne direction afin que Unity sache que le bon côté d'un polygone n'est jamais vu et ne doit donc pas être dessiné (réduit).

Essayez de cliquer sur « recalculer les normales » dans Unity dans la fenêtre d'inspection lorsque le modèle est sélectionné dans la fenêtre de projet, et priez. ou vous devrez manuellement « retourner » la normale dans un programme de modélisation 3D tel que Maya ou Blender.


Pourquoi voit-on des étoiles quand on se frotte les yeux ?

Les formes et les couleurs qui prennent vie dans vos yeux lorsque vous les frottez bien sont connues sous le nom de phosphènes – mais d'où viennent-elles ?

Demandé par : Emma Smith, Peterhead

Ces formes et couleurs, appelées « phosphènes », ont été signalées dès l'époque des Grecs anciens. Frotter les yeux augmente la pression dans le globe oculaire et cette pression active les cellules ganglionnaires de la rétine de la même manière que la lumière. Votre cerveau ne connaît pas la différence et interprète donc l'activation comme si vous voyiez la lumière du monde extérieur.

Les phosphènes les plus courants sont des taches diffuses de différentes couleurs qui se déplacent avec le frottement. Ensuite, il y a des motifs en forme de grille scintillants et se déplaçant rapidement qui reflètent probablement l'organisation des cellules plus haut dans le système visuel. Ces motifs rappellent les peintures psychédéliques car les principaux hallucinogènes affectent également le système visuel.

D'autres effets incluent une gamme de points de lumière bleus intenses. Si vous voulez en faire l'expérience, soyez prudent et appuyez doucement pendant un certain temps plutôt que d'appuyer trop fort et de risquer d'endommager l'œil.

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Partie 2 : L'épigénétique dans le développement et la maladie

00:15.1 Bonjour. Je m'appelle David Allis.
00:17.0 Je suis professeur et chef de laboratoire à l'Université Rockefeller de New York.
00:20.3 Mon laboratoire étudie la biologie de la chromatine et l'épigénétique.
00:24.1 Si vous pouviez regarder ma première conférence iBiology dans cette série,
00:29.1 J'essayais de présenter ce qu'est l'épigénétique.
00:32.2 et donner une partie de la perspective historique,
00:34.2 certaines des grandes expériences qui ont conduit, en quelque sorte,
00:36.3 le concept qu'il pourrait y avoir quelque chose de plus dans notre génome.
00:39.3 Et cela a conduit à notre concept d'épigénétique.
00:43.2 Aujourd'hui, j'espère pouvoir m'appuyer sur certaines de ces pensées
00:46.1 et vous parler de, comment l'épigénétique
00:49.2 ont un impact sur le développement et la maladie.
00:51.2 se concentrant un peu plus sur certaines des expériences les plus actuelles
00:54.1 qui sont en cours dans mon laboratoire et d'autres.
00:58.1 Donc, encore une fois, le même type d'orientation serait l'épigénétique,
01:03.1 comme terme,
01:04.3 quelque chose en plus de notre ADN, en plus de l'ADN,
01:07.2 remonte à Conrad Waddington,
01:10.2 qui, dans les années 1940, a inventé le terme
01:12.3 pour essayer d'expliquer comment en développement
01:15.2 est-ce qu'un jeune embryon finirait par passer par le développement
01:20.0 et donnent naissance à de nombreux types cellulaires différents,
01:22.3 que ce soit du sang, des nerfs, de la peau, quoi que ce soit.
01:26.3 et une fois ce genre d'identités cellulaires établi,
01:30.1 tous issus du même génome,
01:32.1 alors la question serait, vous savez,
01:34.1 comment cela pourrait-il arriver avec le même génome ?
01:36.2 Donc, il était fasciné par ce processus.
01:38.2 Bien sûr, une fois les cellules différenciées établies,
01:42.1 en général, ils savent qui ils sont et ce qu'ils doivent être,
01:46.2 donc les cellules sanguines donneront naissance à d'autres cellules sanguines et ainsi de suite,
01:49.1 mais de temps en temps,
01:51.3 donc il y a un aspect mémoire,
01:53.2 mais de temps en temps, malheureusement,
01:56.0 certains de ces paysages épigénétiques sont confus
01:58.1 et donnent naissance à des sortes de cellules qui reculent dans le développement,
02:01.1 où ils deviennent plus indifférenciés, plus proliférants,
02:04.2 et le résultat de cela est souvent un cancer d'un certain type,
02:08.2 et je parlerai un peu plus dans ma conférence
02:10.3 de certaines de nos activités qui ont une sorte de connotation cancéreuse.
02:14.2 Donc, pour vous donner un aperçu,
02:17.1 Je dois expliquer comment le génome est emballé.
02:18.2 Si vous regardez ce dessin animé d'un noyau eucaryote,
02:21.1 vous pouvez voir que bien que nous décrivions de l'ADN nu,
02:24.3 en fait, très peu de notre génome est constitué d'ADN Watson et Crick nu.
02:30.1 Il existe une bobine de répétition fondamentale, si vous voulez,
02:32.1 que vous pouvez voir dans le coin inférieur droit,
02:34.3 et est maintenant à la résolution atomique
02:37.1 merci à Tim Richman et Karolyn Luger,
02:39.2 cette unité répétitive fondamentale, comme une perle sur une ficelle,
02:41.3 s'appelle une particule de nucléosome.
02:43.3 Et si vous suivez le dessin animé,
02:46.2 nous ne comprenons pas tout à fait, sur le terrain,
02:48.2 tous les détails sur la façon dont ces nucléosomes s'emballent et s'emballent
02:51.2 pour donner naissance à des structures d'ordre supérieur,
02:54.1 mais finalement deux mètres d'ADN
02:56.3 doivent s'emballer dans un noyau eucaryote,
03:00.1 et je pense que c'est intuitivement évident
03:03.0 qu'il va y avoir des régions du génome
03:05.1 qui sont raisonnablement inaccessibles
03:07.2 et il y aura des régions du génome qui seront accessibles.
03:10.1 Alors, jetons un coup d'œil au nucléosome avec un grossissement d'ordre encore plus élevé.
03:14.0 Donc, je pense que c'est une structure très élégante,
03:17.0 c'était une structure historique en 1997,
03:19.3 et j'utilise juste ce dessin animé pour vous demander en quelque sorte
03:23.0 pour remarquer que les histones émanant de l'extérieur de l'ADN,
03:28.1 ce que nous appelons dans l'encadré rouge, les domaines de queue.
03:31.2 Et vous pourriez être tenté de penser, eh bien, ils ne peuvent pas être importants,
03:35.0 ils n'emballent pas vraiment l'ADN,
03:36.3 et en fait tu peux mettre en place des situations dans le labo
03:38.3 où tu peux couper les queues
03:41.2 avec des enzymes ou avec la génétique,
03:44.1 et en effet vous faites toujours une très bonne particule de nucléosome.
03:49.1 Alors pourquoi la nature s'est-elle accrochée à la queue
03:52.3 étant aussi conservé que le reste des histones,
03:56.0 où en fait si nous choisissons l'histone bleue,
03:58.2 qui sera en quelque sorte la star de mon émission,
04:00.1 histone 3 (H3),
04:02.1 la queue de l'histone 3 est conservée, essentiellement,
04:05.1 de la levure à l'homme.
04:07.1 Donc s'il n'emballe pas l'ADN,
04:10.0 pourquoi ces queues sont-elles tenues si étroitement dans l'évolution ?
04:13.2 Eh bien, la réponse sera que ces queues
04:16.2 sont un modèle d'atterrissage très attrayant pour les modifications covalentes,
04:20.3 quelque chose dont j'ai parlé un peu plus lors de ma première conférence iBiologie,
04:24.2 mais si vous prétendez qu'il y a une modification covalente
04:28.1 par la boule rouge -- cela pourrait être un groupe acétyle,
04:30.2 cela pourrait être un groupe méthyle, cela pourrait être d'autres modifications --
04:35.1 nous savons maintenant que ces modifications sont soit ajoutées par les auteurs,
04:39.2 ou soustrait, décollé, par des gommes,
04:41.2 ou même dans certains cas
04:44.2 il y a des modifications post-traductionnelles où la protéine,
04:47.3 nous les appellerons, lecteurs
04:50.0 peut se lier à la modification et engager ainsi la fibre de chromatine d'histone.
04:54.3 Et donc je pense que nous avons maintenant beaucoup d'informations provenant de nombreux laboratoires
05:01.1 des molécules qui entrent dans ces catégories,
05:03.2 dans la catégorie écrivain, la catégorie gomme et la catégorie lecteur,
05:09.0 et nombre d'entre eux sont devenus des cibles thérapeutiques attrayantes
05:12.2 et s'est avéré très utile en milieu clinique,
05:16.2 en partie parce que l'ADN n'est pas altéré.
05:20.0 Donc, ce n'est peut-être pas juste d'appeler cela un lecteur,
05:23.2 mais il y aurait un biologique très puissant,
05:26.2 cellule biologique, outil
05:29.1 que je pense que mon laboratoire et d'autres ont utilisé à bon escient,
05:32.0 et ce serait, pouvez-vous trouver une molécule d'anticorps,
05:35.0 pouvez-vous générer une molécule d'anticorps,
05:37.2 qui pourrait être très spécifique
05:40.2 pour la modification de la modification post-traductionnelle
05:43.3 sur le domaine de queue ?
05:46.1 Et je veux vous offrir des vues spectaculaires
05:49.1 d'où ce type d'anticorps
05:52.3 a commencé à faire savoir au terrain qu'il se passe beaucoup de choses ici
05:56.0 avec cette régulation épigénétique.
05:57.1 Ceci est la couverture classique d'un article de Cell
06:00.1 qui a été publié en 1993 par Brian Turner et ses collègues,
06:04.2 où ils ont généré un anticorps,
06:07.0 Je l'appellerai anti-acétylé
06:10.1 -- donc, ce serait la modification chimique --
06:11.2 anti-acétylé H4,
06:14.1 et ils ont étalé les chromosomes de mammifères sur une lame,
06:17.2 Je pense que vous pouvez voir sur la gauche il y a beaucoup de
06:20.2 sorte de chromosomes à coloration verte,
06:22.2 et ils ont noté,
06:25.2 avec une contre-coloration qui leur permettait de voir en quelque sorte le sous-jacent
06:30.1 tache sans anticorps,
06:32.2 ce chromosome, dans la case en pointillés
06:35.1 avec le cercle et la flèche pointant vers lui,
06:37.2 qu'il y avait un chromosome qui manquait de la tache verte,
06:40.1 la tache jaune-vert.
06:42.2 Et cela s'est avéré être le chromosome X,
06:46.0 et je dois vous dire pour être complet
06:48.3 qu'il s'agissait de cellules de mammifères femelles,
06:51.2 donc ils présentaient maintenant un phénomène appelé inactivation X.
06:56.1 C'est à sens unique les deux chromosomes X chez une femme
06:59.2 restera en quelque sorte équivalent, génétiquement,
07:01.2 au chromosome X unique chez le mâle.
07:04.1 Et voici un mag supérieur,
07:06.3 juste pour que vous puissiez voir à quel point c'était vraiment spectaculaire,
07:09.1 c'était la même image, juste agrandie,
07:12.1 donc vous pouvez voir qu'il est très clair que ce chromosome X inactif,
07:15.3 étiqueté Xi,
07:17.2 ce n'est vraiment pas une coloration avec cet anticorps.
07:20.0 Il s'agit d'un test que nous appelons immunofluorescence.
07:24.1 Et je pense que si vous regardez attentivement,
07:25.2 certains d'entre vous remarqueront peut-être que même les chromosomes
07:28.0 qui sont en grande partie jaunâtres
07:30.2 ont de petites zones où vous voyez le rouge sous-jacent,
07:33.3 et en fait ce sont des régions où nous n'avons pas beaucoup d'acétylation.
07:38.1 Et bien sûr la corrélation ici est que
07:40.3 lorsque vous n'ajoutez pas ces groupes acétyle, en général,
07:43.2 ces gènes et dans ce cas un chromosome entier
07:46.2 ne sont pas transcriptionnellement actifs,
07:49.2 donc l'hypoacétylation suit l'inactivité des gènes.
07:53.2 Maintenant, vous pourriez dire,
07:56.1 eh bien, peut-être que chaque marque de méthyle ou d'acétyle est créée égale.
07:59.3 Eh bien, voici la vraie, sorte de séquence d'acides aminés en haut,
08:03.3 en bleu,
08:06.1 de la queue de l'histone 3.
08:07.1 Ce n'est pas toute la queue
08:09.2 -- c'est dans un code d'acides aminés à une lettre --
08:11.2 mais je vais juste vous demander de regarder deux lysines.
08:13.2 Je devrais dire, c'est là que ces groupes chimiques
08:15.2 sont souvent ajoutés, un résidu de lysine, c'est K,
08:18.2 et ainsi vous pouvez voir si vous avez généré un anticorps contre K9,
08:23.1 vous seriez en mesure d'obtenir potentiellement un anticorps
08:27.2 qui pourrait lire la sphère rouge, si vous voulez,
08:29.3 une marque de méthyle,
08:31.2 et je vais juste vous dire que c'est intégré dans une séquence
08:35.1 -- trop de détails --
08:36.1 ARCHES.
08:37.2 Maintenant, vous pouvez voir si vous vous étendez vers le bas
08:40.3 et regardez plus loin dans la queue de l'histone 3,
08:43.1 en sautant quelques résidus,
08:45.0 vous verrez un autre motif ARKS dans la boîte jaune.
08:48.0 Encore une fois, c'est une lysine à 27 maintenant,
08:50.3 donc nous sommes plus loin dans la queue.
08:52.3 Il était connu pour être méthylé,
08:55.1 nous pourrions générer un anticorps, nous et d'autres,
08:58.2 à la lysine 27 méthyle,
09:01.0 et je dois en quelque sorte vous rappeler un paradigme du silence
09:03.1 qui est revenu un peu dans ma première conférence iBiology.
09:06.1 Quand tu veux faire taire les gènes et que tu utilises la méthylation,
09:09.3 vous devez finalement supprimer les marques d'acétyle préexistantes
09:14.3 avec des histones désacétylases ou HDAC.
09:16.2 Cela place la lysine là où elle peut maintenant
09:19.2 atteindre une marque méthyle par une histone méthyltransférase,
09:22.2 un écrivain,
09:24.2 et puis il y a les protéines de lecture, X et Y,
09:27.0 qui sont dictés ici,
09:29.1 qui lisaient ces marques de méthyle.
09:31.1 Donc, la question est : est-ce une marque de méthyle K9
09:33.2 identique à une marque K27 ?
09:35.3 Et voici du vrai.
09:38.2 à nouveau, motifs de coloration par immunofluorescence.
09:40.3 cela profite du fait que la drosophile a un bel ensemble de chromosomes
09:45.1 qui sont appelés chromosomes polytènes géants.
09:47.3 Tout ce que vous devez savoir, c'est qu'ils sont gros et qu'ils sont énormes.
09:49.2 Et vous pouvez étaler ces chromosomes sur une lame de microscope,
09:52.3 et sur les deux panneaux supérieurs indiqués en rouge,
09:55.2 vous pouvez voir la coloration avec soit un
09:58.2 Anticorps méthyle K9, à gauche,
10:00.2 ou un anticorps méthyle K27 à droite.
10:03.3 Et j'espère que vous conviendrez que
10:07.0 ils ne se ressemblent pas du tout.
10:08.2 Et en fait, ce que nous savons, c'est le genre de zone d'épigénome génétique
10:13.2 sur la gauche, où il y a comme une tache centrale de coloration rouge,
10:16.1 ces gènes, ces séquences génomiques,
10:18.3 sont vraiment hétérochromatiques et toujours éteints.
10:22.2 En revanche, le panneau rouge supérieur droit
10:25,1 avec la coloration méthyle K27
10:28.0 est des gènes qui sont connus pour être sur les bras chromosomiques,
10:31.0 qui devrait être clair,
10:33.2 et ils sont régulés.
10:35.1 Ils ne sont pas toujours éteints, ils sont régulés.
10:37.3 Et en dessous de chaque panneau se trouvent des anticorps
10:41.3 qui ont été développés pour les lecteurs correspondants.
10:44.3 C'est trop de détails,
10:46.2 donc en bas à gauche, nous allons simplement le considérer X,
10:48.1 en bas à droite, nous allons simplement le considérer comme Y,
10:51.0 mais je pense que vous pouvez voir qu'il y a un assez bon accord
10:53.3 du lecteur qui trace et colocalise avec sa marque,
10:59,0 dans l'une des deux situations K9 contre K27.
11:02.3 Donc, c'est un peu comme une façon de regarder le génome de la drosophile.
11:08.0 Maintenant, la levure est un organisme que je veux mettre en place avec soin plus tard dans mon exposé,
11:12.1 mais je veux dire :
11:15.0 mais, toutes les marques de méthyle sont-elles silencieuses dans la nature ?
11:17.2 Non, ils ne le sont pas, et en fait
11:20.1 si vous regardez l'extrémité de la queue H3, la lysine 4,
11:23.1 qui a été montré par de nombreux laboratoires comme étant une marque « ON »,
11:28.1, donc toutes les marques de méthyle ne sont pas silencieuses.
11:31.1 Certains s'activent.
11:32.2 Mais la levure en tant qu'organisme a cette propriété étonnante
11:35.0 que vous pouvez obtenir des souches génétiques knock-out.
11:39.3 Tous ne tueront pas l'organisme,
11:42.3 afin que vous puissiez obtenir des souches de levure viables
11:44.1 qui ont assommé des gènes individuels,
11:47.2 et tout ce que vous devez savoir pour cette expérience
11:49.3 sont les méthyltransférases, les écrivains qui ajoutent des marques de méthyle,
11:52.2, ils ont tous un domaine appelé domaine Set.
11:55.2 C'est trop de détails,
11:58.1 mais une fois le génome de la levure séquencé,
12:00, nous pourrions demander, eh bien, combien de domaines Set y a-t-il dans la levure ?
12:03.0 Et la réponse était 7.
12:06.1 Et donc tu pourrais juste commander des variétés knock-out
12:09.0 pour chacun des domaines Set individuels,
12:12.0 Set 1 knock-out, Set 2, Set 3, Set 4, et ainsi de suite,
12:17.1 et, encore une fois, prenez votre anticorps préféré,
12:19.1 dans ce cas, un anticorps méthyle K4,
12:22.0 et faites ce que nous appelons un Western blot.
12:24.2 Le panneau inférieur est comme un contrôle de chargement,
12:28.0 vous pouvez en quelque sorte voir, avons-nous chargé correctement ?
12:30.2 Et vous pouvez voir une sorte de belle coloration uniforme.
12:34.1 Mais j'espère que vous serez d'accord avec moi dans la case verte
12:36.2 avec la flèche pointant vers le bas,
12:38.1 il n'y a pas de forte coloration
12:42,1 pour la marque méthyle de la lysine 4 dans une souche knock-out Set 1.
12:46.0 Et ce qui est pertinent à ce sujet ne l'est pas seulement.
12:48.2 qui nous a dit que c'est l'écrivain
12:51.1 qui ajoute la marque méthyle K4,
12:54.2 mais par inspection informatique,
12:57.0 nous avons pu déterminer que Set 1
13:00,1 équivaut à un thithorax du gène de la mouche
13:03.0 -- trx --
13:04.2 et plus important encore, c'est l'équivalent d'un gène humain
13:06.3 c'est ce qu'on appelle la leucémie de lignée mixte -- MLL --
13:11.1 et c'est un cancer. gène responsable de la leucémie qui est.
13:15.2 sa mauvaise réglementation est en partie liée à une mauvaise, en quelque sorte,
13:21.1 établissement des marques de méthyle K4.
13:23.2 Donc, je veux dire, vous auriez pu dire,
13:25.2 eh bien, je ne me soucie pas vraiment de la levure,
13:27.1 Je ne me soucie pas vraiment des mouches,
13:29.0 pourquoi Allis me raconte tout ça ?
13:30.2 C'est le type d'expérience
13:33.0 qui a soudainement suscité l'intérêt du domaine pour les marques de méthyle K4
13:36.1 comme ayant, potentiellement, une implication de maladie,
13:38.3 dans ce cas, la leucémie de lignée mixte.
13:43.0 Une autre chose importante sur laquelle je veux en quelque sorte terminer
13:46.0 avec mon anticorps, une partie de mon discours était,
13:48.0 les anticorps vous permettent d'inspecter le génome,
13:51.2 pas avec de jolies images, pas avec des Western blots,
13:54.2 vous pouvez prendre le génome, comme indiqué sur le panneau supérieur,
13:57.2 et fragmentez-le.
14:00.0 Vous pouvez le fragmenter, le cisailler, avec différentes méthodes,
14:04.1 et fondamentalement casser les particules de chromatine, ces unités de nucléosomes,
14:06,3 en petits morceaux après une étape de réticulation.
14:11.2 Eh bien, bien sûr, les histones correspondent à l'ADN.
14:13.2 La sphère verte n'est peut-être pas une histone,
14:15.2 cela pourrait être un facteur de transcription,
14:18.1, il pourrait également se lier,
14:20.0 et ensuite votre matériel soniqué et fragmenté
14:24.1 est incubé avec votre anticorps préféré.
14:26.1 Donc, dans le troisième panneau jusqu'au bas,
14:29.0, vous pourrez peut-être prendre un anticorps contre l'une de ces modifications
14:32.1 ou un anticorps contre le facteur de transcription,
14:34.3 et faire une précipitation.
14:37.0 Et une fois que vous avez récupéré ce matériel,
14:40.1 vous pouvez vous débarrasser de l'anticorps, de la protéine,
14:43.2 et séquencer l'ADN
14:46.1 et découvrez où dans le génome se trouvait ce facteur de transcription particulier
14:50.3 ou cette modification particulière, si c'était sur une histone,
14:53.0 où est-il ?
14:55.0 Et je vais revenir à, en quelque sorte, maintenant.
14:58,0 chromatine étalée au microscope électronique,
15:00.2 et vous pouvez voir, encore une fois, le panneau supérieur, le nucléosome,
15:06.1 nous l'appellerons filament fin, la perle sur une ficelle,
15:07.3 c'est un modèle très célèbre,
15:09.2 et bien plus encore, sur le panneau inférieur,
15:11.1 chromatine condensée.
15:12.3 Et je dirai simplement, à travers le génome
15:14.3 expériences d'immunoprécipitation de la chromatine
15:17.2 comme ce que je viens de vous montrer,
15:19.3 ils sont souvent nommés expériences ChIP
15:21.2 -- qui signifie immunoprécipitation de la chromatine --
15:24.2 de nombreux chercheurs ont maintenant demandé,
15:27.2 où dans le génome se trouvent les différentes marques ?
15:30.2 Je ne pense pas vraiment qu'il soit important que tu regardes attentivement
15:32.2 dans les cases vertes ou rouges,
15:35.1 mais je vais juste faire un bref commentaire.
15:36.2 Il y a des marques qui sont en corrélation avec des éléments d'amélioration.
15:39.3 Il existe des marques en corrélation avec les promoteurs des gènes.
15:42.2 Il y a des marques qui sont en corrélation avec les corps génétiques actifs.
15:46.1 Donc, du côté actif de la pièce,
15:48.1 ces modifications créent un modèle.
15:51.1 il y a longtemps,
15:53.1 Brian Strahl et moi avons fait référence à cela comme un code histone potentiel
15:56.1 qui indique différents éléments de l'ADN de la chromatine
15:59.2 quelle pourrait être leur propriété.
16:02.1 Dans la boîte rouge,
16:04.2 comme je l'ai en quelque sorte illustré avec mes chromosomes de drosophile,
16:07.2 il y a des gènes définitivement réduits au silence dans l'hétérochromatine,
16:11.1 et puis il y a des gènes réprimés qui sont réprimés à la demande,
16:14.2 encore, tous avec des marques différentes.
16:16.2 Donc, c'est très excitant que maintenant les chercheurs
16:19.3 ont traversé le génome de tout le monde
16:21.2 -- à partir de cellules normales ou de cellules anormales,
16:24.2 cancer, cellules non cancéreuses --
16:27.1 et vu qu'une grande partie des paysages épigénétiques sont altérés,
16:31.3 suggérant que cela pourrait faire partie du mécanisme de la maladie.
16:36.3 Maintenant, à ce stade, je vous ai peut-être amené à croire, à tort,
16:41.0 qu'une histone n'est qu'une histone n'est qu'une histone,
16:44.2 et qu'il y a des modifications qui altèrent les histones,
16:47.1 et qu'il pourrait y avoir des écrivains, des effaceurs et des lecteurs,
16:50.3 mais qu'en est-il des histones elles-mêmes ?
16:53.2 Et il s'avère que la nature a été très intelligente
16:57.1 dans la création d'une histone majeure.
17:00.0 Prenons l'exemple de la famille histone 3.
17:02.3 Il y a l'histone prototypique majeure 3.
17:05.3 Il emballe le nucléosome de la chromatine d'une manière majeure,
17:10.1 descend à peu près tout le chromosome,
17:12.3 et, vous savez, c'est l'histone 3 du manuel
17:17.1 qui aide à faire ce travail.
17:20.1 Mais la nature a créé quelques variantes d'histones,
17:24.2, nous les appelons des variantes.
17:26.1 Ils n'étaient pas très bien étudiés,
17:28.2 et dans le système des mammifères
17:31.0 il y avait une variante d'histone 3.3.
17:33.2 Maintenant, cela pourrait être ennuyeux pour certains d'entre vous,
17:35.1 il y a un 3.2 et il y a un 3.1,
17:38.0 mais pour la simplicité de ce discours,
17:40.2 Je regroupe les 3.1 et 3.2 ensemble comme juste H3.
17:44.1 Donc, une question pour ceux d'entre vous qui écoutent est,
17:48.3 eh bien, combien d'acides aminés différents est de 3,3
17:52,2 du H3 régulier,
17:54.2 et la réponse est, selon qui vous comparez,
17:56.2 la réponse est seulement 4 acides aminés ou 5.
18:00.1 C'est donc presque un H3 normal,
18:02.3 mais d'autres ont trouvé,
18:05.1 Steve Henikoff en particulier a trouvé,
18:08.2 que si vous suivez le chemin numéro 2,
18:11.0 3.3, la variante histone,
18:13.2 était ciblé sélectivement pour les gènes actifs.
18:16.2 Il n'a pas descendu tout le chromosome.
18:19.0 Il a en fait utilisé son propre chaperon,
18:21.3 son propre système de livraison, si vous voulez,
18:23.3 qui est étiqueté HirA,
18:26.2 pour cibler les gènes actifs.
18:28.0 Eh bien, c'était assez remarquable.
18:29.2 Vous savez, vous aviez le H3 régulier qui partait ailleurs,
18:32.0 et 3.3, ce petit mineur,
18:34.2 quelques variantes différentes d'acides aminés,
18:37.1 allant sélectivement aux gènes actifs.
18:39.2 Mais ensuite, Aaron Goldberg a rejoint mon laboratoire et il était également intéressé par 3.3,
18:43.0 et il a trouvé, remarquablement, que 3.3
18:46.0 avait une toute autre personnalité,
18:48.0 et cela est montré dans le chemin 3.
18:50.0 Il y avait un autre chaperon nommé Daxx
18:52.0 et, croyez-le ou non,
18:55.0 il fallait 3,3 aux extrémités des chromosomes
18:59.0 ou la chromatine juste autour du centromère,
19:00.2 c'est cette constriction sur le chromosome ci-dessous.
19:03.2 Et alors, comment la même variante d'histone pourrait-elle
19:06.2 être actif ou inactif,
19:10.1 et une partie de la réponse semblait être avec différents chaperons.
19:13.0 Maintenant, je n'ai pas montré trop de membres de mon laboratoire, mais c'est pertinent.
19:15.2 Aaron Goldberg était l'étudiant,
19:17.2 il est dans le coin inférieur droit,
19:20.1 il était dans le programme MD/PhD à Rockefeller,
19:23.2 un étudiant très talentueux,
19:26.2 et c'est lui qui a développé la connexion Daxx à 3.3,
19:30.0 le ciblage.
19:31.1 Et, je suppose que lorsque vous publiez un article dans Cell,
19:34.1 ils t'invitent à faire une couverture,
19:36.2 et ce qui m'a toujours époustouflé, c'est la femme au sommet,
19:39.3 Yifan Xu,
19:42.1 était également l'un des étudiants diplômés d'Aaron
19:44.3 dans le programme MD/PhD, amis proches,
19:47.1 et à ma grande surprise, parlez de talent avec vos élèves,
19:50.2 elle a peint cette couverture de Cell.
19:53.3 Il n'a pas été accepté dans le journal,
19:56.2 donc c'est la mauvaise nouvelle,
19:57.2 donc il n'a jamais vu le jour dans une publication,
20:0.1 mais j'ai toujours été très impressionné qu'il y ait ce genre de,
20:04,2 dans ce cas les deux étudiants MD/PhD,
20:06.1 et elle avait ce passe-temps d'être artiste et peintre,
20:09.2 et j'ai toujours pensé que
20:12.2 son dessin d'artiste de l'individu Daxx,
20:16.1 les messieurs à gauche
20:19.2 qui mettait des nucléosomes dans la chromatine silencieuse avec Daxx,
20:23.2 s'est avéré être, peut-être pas seulement un accident,
20:26.2 qu'il était en blouse blanche.
20:29.0 Et vous pourriez dire, eh bien, où est la maladie ?
20:31.3 Parce qu'Aaron allait continuer et devenir médecin-scientifique.
20:35.0 L'article d'Aaron a été publié en 2010,
20:38.3 donc si vous dites, eh bien, pourquoi faire de la science ?
20:41.1 Eh bien, totalement à notre insu,
20:43.3 l'année suivante, 2011,
20:46.0, cet article a été publié dans une revue très médiatisée, Science.
20:48.2 Nous savions qu'il s'agissait d'un grand groupe de cancéreux,
20:51.1 en grande partie chez Johns Hopkins à Baltimore,
20:53.2 et ils séquençaient des tumeurs humaines
20:56.2 pour un cancer mortel connu sous le nom
21:00.0 tumeurs neuroendocrines pancréatiques, ou PanNETs,
21:03.1 et ils ont trouvé une fréquence remarquablement élevée de mutations génétiques
21:07.1 qui étaient à Daxx et cet autre partenaire de Daxx
21:11.1 dont je n'ai pas parlé, ATRX.
21:13.2 Et la fréquence de ces mutations était assez élevée,
21:17.1 ces auteurs n'étaient vraiment pas des biologistes de la chromatine comme mon labo,
21:21.1 et ils ont fini par écrire leur journal en disant :
21:23.1 Je me demande ce que cela a à voir avec la chromatine ?
21:25.1 Bien sûr, nous avions étudié Daxx
21:27.3 du côté chromatine de la pièce,
21:29.3 à travers le travail d'Aaron.
21:31.1 Et pour mettre un visage de célébrité sur la maladie,
21:34.1 ce type de tumeur est ce que Steve Jobs,
21:36.3 vous savez, le fondateur et créateur d'Apple,
21:39.0 est décédé, malheureusement, en 2011.
21:44.0 Donc, bien sûr en tant que laboratoire de biochimie,
21:46.1 nous voulions savoir,
21:48.2 et bien s'il n'y a qu'un petit nombre de différences d'acides aminés entre 3,3,
21:52.2 regardez la séquence du haut sur le dessin animé du bas,
21:55.2 et le "normal", si vous voulez, H3.
21:58.2 Je ne vous montre que les acides aminés qui diffèrent,
22:01.1 et n'oubliez pas qu'il n'y en a que 4 ou 5.
22:04.0 eh bien, nous avons pu, et nous sommes ici Simon Elsässer et ses collègues,
22:07.2 ont pu cristalliser la structure du Daxx humain
22:11.2 et découvert que c'est vraiment le facteur de spécificité.
22:15.2 Daxx se lie et aime 3.3.
22:19.2 Maintenant, ce que je vous montre à droite
22:22.1 sont quelques gels.
22:23.2 Maintenant, certes, c'est quelque chose que je ne décrirai pas très bien,
22:25.2 mais ils sont appelés tests pull-down.
22:27.1 Donc, nous demandons en fait à Daxx
22:30.2 pour en quelque sorte incuber avec des histones,
22:32.1 puis tirez-le vers le bas avec un anticorps,
22:35.1 puis l'exécuter sur un gel.
22:37.0 Et j'espère que vous pouvez voir qu'il y a deux groupes importants
22:39.1 qui sont à la position d'environ H3 ou H4.
22:44.0 Je devrais dire que H3 est toujours en partenariat avec H4.
22:47.1 Eh bien, laissez-moi vous demander de regarder d'abord le côté gauche.
22:51.2 C'est quand vous prenez Daxx, le facteur spécifique de la protéine,
22:54.2 et vous l'incubez sur le panneau le plus à gauche
22:57.3 avec type sauvage 3.3,
23:01.0 le régulier 3.3.
23:02.3 J'espère que vous voyez un groupe important de H3.3 et H4.
23:06.1 Mais maintenant, pour le plaisir, Simon a demandé :
23:09.1 et si je prenais cette dernière glycine,
23:12.2 maintenant, c'est là que se trouve cette flèche rouge,
23:15.2 pointant vers le bas à la glycine,
23:17.0 c'est un acide aminé qui est très petit,
23:18.2 et je ferai en sorte que la glycine devienne la méthionine,
23:21.2 c'est le M, je vais lui donner un M qu'il n'a jamais eu,
23:25.1 et j'espère que vous serez d'accord,
23:27.0 dans la petite case pointillée,
23:29.1 il n'y a plus de liaison de 3.3.
23:31.1 Et puis Simon a fait le jeu de mutagenèse dans l'autre sens.
23:35.1 Il a dit, eh bien, sur la paire de deux gels de droite,
23:38.1 let me now start with the regular H3.
23:41.1 In the left-most lane, there, you'll see no binding,
23:44.1 it doesn't bind.
23:45.2 It's remarkable to me.
23:47.1 Daxx doesn't care about regular H3,
23:49.2 until, on the very right-most lane,
23:52.3 you give the regular H3 that glycine it never had.
23:56.2 So, in that last red box,
23:59.2 now if you take methionine at position 90
24:02.3 and make it a glycine,
24:04.2 I hope you'll agree, in the red box
24:06.1 there's two strong bands.
24:07.3 So, we would have never predicted
24:09.2 that something as trivial as a glycine mutation to methionine,
24:13.2 one amino acid change,
24:16.1 would be part of the specificity recognition,
24:18.2 which leads me to something that people make fun of me for saying:
24:21.1 does every amino acid in histones matter?
24:25.0 And I should have mentioned that on the original disease paper,
24:29.3 there was a middle author,
24:31.3 I won't go back to the slide, but Laura Tang
24:35.1 was an embedded middle author on that paper,
24:37.0 she's across the street at Memorial Sloan Kettering.
24:39.3 Laura, we teamed up with, to look for, then,
24:43.2 where are mutations and what are the properties of these mutations
24:47.2 in real patients that have pancreatic neuroendocrine tumors, or PanNETs.
24:52.0 On the left-hand side of this display
24:55.2 are gene expression profiles,
24:58.1 they're just different genes from top to bottom,
24:59.3 you won't be able to read them,
25:01.1 but in general on the very blue-most genes,
25:05.2 these are expressed or non-expressed genes
25:08.2 that are coming from tumors
25:12.1 that came from the patients that have been sequenced and genotyped
25:14.3 to not have a mutation in Daxx.
25:17.2 They had a tumor, they had trouble,
25:20.1 but they didn't have a Daxx mutation.
25:22.3 And since red in this highlighting is expression,
25:26.2 I'll just tell you in the upper-left-hand quadrant,
25:29.2 the proteins that are most strongly expressed
25:32.2 are pancreatic proteins.
25:35.1 On the right-hand, from the vertical bar to the right,
25:39.0 are tumors that were identified,
25:41.0 pancreatic neuroendocrine tumors that came from Laura,
25:43.2 both primary and metastatic,
25:45.1 where they were sequenced to have the mutation in the Daxx protein
25:49.0 that I've been talking so much about,
25:51.1 and I hope you agree it looks quite different,
25:53.1 and now the vast majority of the highly expressed,
25:58.2 or red, genes
26:00.2 happen to be liver proteins.
26:02.2 So I think what's happened is the cell has become confused.
26:05.0 The cell was meant to be a pancreatic cell.
26:07.2 It's switched its, if you will,
26:09.3 epigenetically driven identify identity,
26:13.1 and now it's taking on liver properties,
26:15.2 and that may not be a coincidence with the fact that
26:19.3 when this tumor originates in the pancreas,
26:21.3 it's primary site of metastatic lesion
26:26.0 and ultimate death for the patients
26:29.3 is it travels to the liver.
26:32.0 So this is a case where something as seemingly unimportant, if you will,
26:36.2 as a histone variant,
26:38.1 a few amino acids difference,
26:39.2 has now been directly implicated in a human disease,
26:41.2 and this is ongoing, unpublished work
26:44.2 in my laboratory and others, with Laura Tang.
26:47.3 Now, you know, I've mentioned that, you know,
26:51.1 I've made fun of myself here,
26:53.2 saying, does every amino acid matter?
26:55.1 Maybe from this Daxx example you might be convinced
26:58.0 that there really is something to that,
26:59.2 but how would you really test that as a scientist.
27:03.1 So, this will seem like an aside to you,
27:05.3 but I'm going back, far away from human biology,
27:08.0 back to the yeast model system.
27:10.2 This is budding yeast.
27:13.0 I want to pay credit to Michael Grunstein and Mitch Smith and others.
27:16.0 In the cartoon of the budding yeast cell,
27:19.2 I want you to notice that there's a very small number of genes
27:23.2 that are meant to be chromosomal copies
27:26.1 of the four core histones.
27:28.2 I don't know if I mentioned that there are four.
27:30.2 And yeast is remarkable in that it only has two copies each,
27:34.0 so there are two copies of each of the four core histones,
27:37.1 and Grunstein and Smith and others realized that
27:40.0 they could delete, completely,
27:42.2 all of the chromosomal copies of those histone genes.
27:45.1 Now, of course, a yeast cell wouldn't be alive
27:47.1 without histone proteins,
27:50.0 and so deleting its genes would be incompatible with life
27:53.0 -- you have to package your genome,
27:54.2 you have to package it with histones --
27:57.2 but that cell could be kept alive by the circular molecule,
28:02.1 which we refer to as an extrachromosomal plasmid,
28:06.2 and it's keeping the cell alive because it has four copies,
28:11.2 the blue, the green, the red, and the orange,
28:13.0 of a wild type copy of each one of the four core histones,
28:18.0 so that plasmid will keep the cell alive.
28:21.2 And then the brilliance of this genetic system
28:24.2 set up by these researchers
28:26.3 was they realized that you could do this trick
28:29.1 of what we call a plasmid shuffle,
28:32.1 where you could then mutagenize a plasmid on the left,
28:35.1 the one that's marked with the leucine-2 marker,
28:37.3 and that could carry a mutation of interest.
28:40.2 So, in the yellow box,
28:42.3 I'm giving you an example that the blue histone,
28:44.3 I've been focusing a lot of my attention on histone 3,
28:48.1 what if we took its gene and we mutated one of the special lysines
28:52.2 and you mutated it to an arginine?
28:56.0 Some of those of you who know your amino acids
28:57.2 will know that a lysine for an arginine
28:59.3 keeps the positive charge,
29:01.1 but a lysine is [the only one that can be acetylated], for example,
29:04.3 not an arginine,
29:07.1 so a K-to-R mutation would be a great test
29:09.2 of whether that lysine matters.
29:11.3 And then you can shuffle that plasmid into the cell
29:15.2 and, under the right sort of selection pressures,
29:17.2 you'll lose the original wild type plasmid
29:21.2 that was marked with URA3.
29:24.1 So this was an elegant test, I used to tell students,
29:27.0 if you wanted to do histone genetics,
29:29.1 you better do it in yeast,
29:30.2 because this was one that was one of the ones
29:34.1 that you could real genetics on.
29:36.2 So, the big surprise for my laboratory came
29:41.2 in the close of 2012 when two groups,
29:44.2 almost back-to-back,
29:46.1 Nada Jabado at McGill University
29:48.1 and Suzy Baker at St. Jude's,
29:50.2 studying pediatric tumors and the most devastating type of pediatric tumor,
29:54.3 a brain tumor that's essentially universally fatal,
29:59.0 found that the mutations in the patients
30:01.2 mapped to histone genes.
30:04.0 Not just one copy of the histone.
30:05.3 I mean, not just all the copies,
30:08.2 just one copy of the histone gene.
30:11.0 You inherit histone genes from mom and dad,
30:14.0 those are called alleles,
30:16.1 and you have many, many copies in the human.
30:18.2 So, what was remarkable was just one histone,
30:22.1 one allele, was carrying a mutation.
30:25.1 And even more remarkable,
30:27.3 let me show you where the brain tumors arise in these children.
30:31.0 For the experts, it's been known as DIPG, it's easy to say.
30:36.1 That stands for diffuse intrinsic pons glioma.
30:41.1 The tumors occur in the base of the brain,
30:43.2 that's called the pons, hence the DI*P*.
30:48.0 And essentially it's an inoperable, untreatable disease.
30:51.2 These children are usually diagnosed
30:54.2 around the ages of roughly, you know, 5-8,
30:57.2 and they pretty much don't ever make it
31:02.0 and sadly die within about a year or a year and a half.
31:05.1 And so these DIPG tumors had no molecular understanding,
31:09.2 no therapeutic potential,
31:11.2 and here the mutations were mapping to histone proteins.
31:16.1 Now, it turns out, not just any histone protein
31:19.0 -- they were mapping to this histone 3,
31:20.3 which is why I'm making it the star of my show --
31:23.2 and then they weren't mapping to just anywhere in the histone,
31:26.3 they were mapping to the residues, the lysine residues.
31:31.0 So, as much as I was sort of offering to you yeast genetics
31:33.1 as a powerful tool,
31:35.2 this is a case that I would have never bet my money on,
31:37.2 that now the genetics is coming from the human
31:40.2 and closely associated with a deadly disease.
31:44.1 And again, in the histone tails,
31:47.1 these mutations were mapping right at the point of attachment,
31:52.0 right where that modification lollipop comes off,
31:56.1 the base of that lollipop is where the mutation maps.
32:00.1 And, too much detail perhaps,
32:02.0 the lysine is always mutated to a methionine,
32:05.0 so I might slip up and say K-to-M.
32:09.2 So, of course we would like to know.
32:12.2 as a chromatin lab, we want to know what these modifications are doing.
32:16.0 It gets more human for me,
32:19.0 because I'm had the tragic pleasure, I think,
32:20.3 to be able to give seminars
32:24.0 where DIPG researchers like Michelle Monje at Stanford
32:27.2 introduced me to families under her care,
32:30.1 in this case the Kranz family in San Francisco,
32:32.3 and I wouldn't show you this except this family made a
32:35.2 public documentary of the tragic death of their daughter Jennifer,
32:39.1 who was diagnosed with DIPG.
32:41.2 You know, Michelle said to me,
32:44.1 Dave, we gotta get on top of this.
00:32:45.21 I don't want to do any more of these tissue harvests.
32:48.0 And sadly, after I visited Stanford,
32:51.1 Jennifer did pass away and aspects of her brain tumor
32:54.0 were sent to my laboratory in New York.
32:57.1 I was born and raised in Cincinnati, Ohio.
32:59.1 That's irrelevant to you,
33:02.1 but I was stunned, really, when in 2015
33:05.1 the national news covered this very brave woman, Lauren Hill,
33:09.2 born and raised in Cincinnati, Ohio, and she was diagnosed.
33:13.3 this was atypical to be a 19 year-old,
33:15.2 but she was diagnosed with DIPG.
33:17.1 What we wanted to do more than anything else before she passed
33:20.2 was to shoot a college basketball hoop for her team,
33:24.2 and she actually did that
33:27.0 and raised an incredible amount of money, over a million dollars,
33:30.2 for a cause called 'The Cure Starts Now'.
33:34.1 So, a very inspiring sort of national sports story
33:37.1 where a woman died from DIPG,
33:40.3 albeit at an older age than normal.
33:44.2 So, of course, what my lab would be interested in, then, is,
33:49.2 we know what some of these lysines are doing,
33:51.1 certainly if you listen for my first iBiology lecture
33:53.1 you'll know that some of them are sites of acetylation, methylation,
33:56.2 who are the writers, who are the.
33:59.1 and I just want to tell you that,
34:02.1 as the cartoon sort of shows,
34:04.0 we were stunned to realize
34:07.2 that what might be the problem with a K-to-M mutation
34:11.1 was that we might be impacting the methyltransferase writer,
34:16.1 and I'll give you one experimental example on the next slide.
34:21.1 So, these are Western blots.
34:24.0 I think you can judge.
34:25.2 some of the bottom of this gel
34:28.1 are just the histones stained and various other loading controls,
34:31.2 but let me ask you to look at the top row.
34:35.2 The top row is probing the blot
34:38.2 with a methylated antibody against lysine 27
34:42.1 -- that was the position where the founding DIPG mutations were identified --
34:48.1 and I think you can see that
34:51.3 if you're able to read the K27 box,
34:53.2 that's the right-most box,
34:56.0 there's no staining there, essentially no staining there.
34:58.2 It's like a little hole.
35:00.1 And Peter Lewis, who was a postdoc in my lab
35:01.3 who did this remarkable blot,
35:03.2 he then asked, is it magical that it's a methionine?
35:07.1 So, to answer that question,
35:10.1 he altered the lysine to every possible amino acid,
35:13.2 so I've loved to nickname it the alphabet experiment,
35:17.0 and I think you can see, based on the top row,
35:20.2 none of the other amino acid substitutions cause a problem
35:25.1 expect for the second left-most box,
35:28.1 which is a lysine 27 to isoleucine, or I.
35:33.1 So at this point in time, we only knew that there were
35:36.2 two amino acid changes that caused a problem,
35:39.1 K-to-M, that was the founding mutation,
35:41.1 and now, although there was no cancer for it,
35:44.3 K-to-I at position 27.
35:48.2 As well, sadly,
35:51.2 we were able to stain.
35:53.3 back to this antibody staining, immunofluorescence.
35:55.2 we were able to stain brain samples from tumors like Jennifer's,
36:00.0 and on the top of this stain is an autopsy brain sample
36:05.1 from a patient that succumbed to a brain tumor
36:08.0 that was not from a patient that had DIPG
36:11.1 and did not have the K27M.
36:13.2 And you see there's a lot of staining,
36:15.2 a lot brown cells that are staining with this methyl-27 antibody,
36:20.1 but on the lower panel are samples of
36:24.1 staining from autopsied childrens' brains that came from,
36:27.1 like Jennifer Kranz, a DIPG patient
36:30.1 who did have the K27 sort of mutation.
36:35.2 It's just unbelievable to us
36:38.2 -- there's essentially no staining of this methyl mark.
36:42.1 And if I go back, whether it's the alphabet
36:45.0 and you're doing a blot and you see a little hole on the blot
36:48.2 or, maybe more relevant, staining real human tumor samples,
36:52.2 there seems to be a dramatic drop in the signal,
36:56.1 suggesting that even though these patients have tons of wild type histones,
37:01.0 there's something going wrong.
37:03.0 And we now know the problem seems to be, in part,
37:05.1 tied to the writer.
37:07.0 This mutation is inhibiting the writer.
37:09.1 So, quite remarkably then, if you will,
37:14.0 the mutation in this tail, and I want to be clear, this is a genetic mutation
37:17.1 -- some people say, "Auggh, Allis always likes epigenetics". no, no, no.
37:22.0 this is a real genetic mutation
37:25.1 that now is impacting the epigenetic machinery
37:27.2 that now is somehow, if you will, poisoning,
37:29.2 hence the skull and crossbones,
37:31.2 the writer that puts on this mark, in a dramatic way.
37:35.1 And of course that may confuse the landscape enough
37:38.1 to cause trouble that ultimately leads to the
37:41.2 misregulation of genes in a patient in a lethal situation.
37:46.0 I would have never predicted this,
37:49.1 but now if you follow the little asterisk, if you will,
37:51.2 other lysines in the tail, so a green lysine, if you will.
37:57.1 you know, if you will.
37:59.2 if you will, mutated,
38:01.3 has now been found to correlate with pediatric blood cancer.
38:05.0 If you go further in the tail to the brown color,
38:07.2 there's a deeper lysine in the tail
38:10.1 that's now been found to be mutated to methionine
38:13.2 in bone cancers.
38:15.2 So it looks like the H3 tail is somehow
38:19.0 peppered with different mutations,
38:21.2 almost always K-to-M,
38:24.1 that are causing different pediatric cancers
38:26.3 with remarkable cell specificity.
38:29.1 And as a footnote, I'll just say that
38:33.1 if you transplant these cells back in to the side of a mouse,
38:37.0 if you transplant a wild type cell, like the left animal,
38:40.2 you don't have any tumors formed,
38:42.3 and if you do the same experiment with the same type of treatment
38:46.2 to a mouse, on the right,
38:49.2 in this case there was a particular lysine mutation, K36M,
38:52.3 you see there's really very pronounced tumor formation.
38:56.1 This was a tumor that tracked to bone
38:58.3 and this transplantation is not even taking it to a bone,
39:01.0 it's just the side of a mouse,
39:03.1 and so it's really a very striking demonstration that these onco-.
39:07.0 we've nicknamed these mutations, now, oncohistone mutations,
39:11.0 sort of as a buzzword, but, you know,
39:13.2 this suggests that they really are driving cancer in this situation.
39:16.3 There is no other genetic mutation
39:19.2 other than these histone mutations
39:21.1 and the perplexing part is they have lots of wild type histones,
39:24.1 so why is this even a problem?
39:26.1 And so that's fascinating to us,
39:29.2 so let me sort of wrap up here and give you a couple
39:32.1 sort of now emerging concepts from my lab.
39:35.0 I've made several references to
39:39.0 'does every amino acid matter?'.
39:41.1 Well, I think unquestionably, now.
39:44.1 you might have taken the yeast example
39:46.1 or some of my other examples,
39:48.3 but I think these oncohistone mutations, so, this is too much detail,
39:50.2 but this is the portion of the H3 tail
39:52.3 where some of these K mutations have been found,
39:55.3 and I just want to set the record straight,
39:59.2 at the lysine 36 part, that's the green lysine,
40:02.3 not only have K-to-M mutations been found in the patients
40:06.2 -- this is the bone cancer --
40:08.3 but also K-to-I,
40:12.0 and that was something that we saw in our blots.
40:13.2 So, it's not just pie in the sky anymore,
40:15.3 it's not just K-to-M, it's also K-to-I.
40:18.2 So, as I said at the bottom of the slide,
40:21.3 our current and driving hypothesis,
40:24.1 what we make me as fulfilled as I could possibly be as a researcher,
40:28.2 is, can we turn our knowledge of histone biology
40:31.2 and all of this epigenetic pathway,
40:34.1 can we bring this to bear to learn how to 'detoxify' these mutations
40:39.0 to try to get around some of these devastating pediatric cancers?
40:43.1 It's sort of meant to be a laugh and some comic relief,
40:45.3 but, you know, you come to New York, I I work in New York,
40:48.3 you know, some people like the Yankees,
40:50.2 I'm not a baseball person,
40:52.2 but in fact I want to leave you with the impression,
40:54.1 Don't rule out the Mets.
40:56.0 And of course, by Mets I mean, not the baseball team The Mets,
40:58.3 I mean these methionines,
41:01.1 because that's the amino acid that seems to be causing so much trouble.
41:05.0 And these K-to-M mutations, then,
41:07.1 are really driving quite a bit of the research in my lab
41:10.2 because I think we view them as a tool that we can now use
41:14.3 to sort of perturb each of these lysine-driven pathways
41:19.0 and selectively, if you will,
41:22.3 poison them at will and then ask,
41:25.1 what is the downstream biology that's affected?
41:28.1 I would be remiss if I said that it's all just cancer, cancer, cancer.
41:32.1 This isn't meant to be something that you'd really absorb,
41:34.1 but it's a nice compilation of papers from the recent literature
41:38.3 that have now said,
41:41.1 not so much, how does epigenetics impact cancer.
41:43.2 what about single-gene diseases, what about neurology,
41:46.2 what about fibrosis, what about cardiology,
41:49.0 immunology.
41:50.2 and if you were able to read these titles or read the abstracts,
41:54.1 you'll find that in all of these different non-cancer diseases,
41:58.0 it seems that the problem is in an epigenetic pathway,
42:00.2 this being misregulated.
42:03.2 So, Jim Watson said this quote,
42:07.1 that I think is pretty remarkable at this point in time.
42:10.0 After listening to all this epigenetics play out
42:12.1 and of course he was one of the Watson and Crick founders
42:14.1 and discoverers of the double helix.
42:17.1 You can inherit something [it appears] beyond the DNA sequence.
00:42:21.04 That's where the real excitement is now.
42:24.1 This is my cartoon wrap-up.
42:26.1 If you watched the first iBiology talk of mine,
42:27.3 you saw this before.
42:29.1 I think it's a nice summary, though,
42:32.0 that there's real genetics on the left
42:34.0 -- I think to pick on my oncohistone, what I just talked about --
42:36.2 those are real mutations, hence the red asterisk.
42:40.3 Those are real mutations in the DNA,
42:44.0 but unquestionably, and in this case even in a gene
42:47.0 that encodes a histone,
42:48.2 but they're impacting, on the right side of the coin.
42:51.1 or, the slide.
42:53.1 the epigenetic machinery, and in this specific
42:57.0 the writer of an epigenetic methyl mark,
42:59.0 and this sort of interplay of different modifications of histones,
43:03.0 different modifications of DNA,
43:04.3 they are reversible and that's the hope.
43:07.2 we can maybe then reprogram and get around these mistakes
43:11.1 that are causing some of these disorders.
43:14.2 So, if you're really fascinated about epigenetics
43:17.0 and you want to read more on the topic,
43:18.3 this just happens to be a new textbook on epigenetics
43:22.2 that was put out this past year by Cold Spring Harbor Press,
43:28.1 and it helps me to sort of.
43:31.1 I participated in this exercise with some wonderful people
43:34.2 that are the editorial team,
43:37.3 and I think from Thomas Jenuwein on the left, Monika Lachner, Danny Reinberg
43:42.0 -- this was in Danny's office in New York --
43:44.1 myself, and Marie-Laure Caparros,
43:47.3 all of us felt passionate about trying to bring this together in a textbook form
43:51.2 so that this complication and all of this complexity
43:54.3 could be slowly digested by those folks
43:58.1 who want to read more about your genome
44:01.1 from the standpoint of the epigenome.
44:03.2 Thank you very much.
44:05.0 And I have a contributor slide.
44:06.2 I'd like certainly pay credit to where.
44:09.1 if I talked about anything that was sort of experimental or laboratory related,
44:12.1 I showed a few pictures,
44:14.2 but I have to sort of pay credit to all the wonderful students, postdoc, and techs
44:18.2 that have been in my lab over the years.
44:21.1 You might have gotten a sense that we like to collaborate -- we do.
44:24.1 For example, the physician scientists
44:27.2 who have given us tissue samples from patients.
44:33.1 iBiology, the project.
44:34.3 a shout-out to Ron Vale for getting me involved with this and others.
44:41.1 The Lasker Foundation for hosting me today
44:43.2 and the filming, the crew here.
44:45.3 My funding and Rockefeller University.
44:48.2 And thank you for your time and attention.
44:50.2 Thank you very much.

  • Part 1: Epigenetics: Why Your DNA Isn’t Enough

Seeing green tint (chartruese color) in morning upon awakening

I had not heard this complaint in over 30 years of practice. I would suggest you see an ophthalmologist for an eye exam.

Merci pour votre réponse. However, on this forum there are at least 3 other complaints almost exactly like this one I have. There is even an 8 year old girl who has it. Here is another:

Answered by Michael J Kutryb, MD

Thank you doctor for your reply. However, on this forum there are at least 3 other people who have this same, strange thing. One is an 8 year old girl.

Here is another post below that I copied. This person has diabetes, but I do not and I do not take meds. So this thing does happen to people. Of all the other answers I do not see a viable answer. Can anyone give an answer?

"This morning when I first woke up, I saw a green hue over everything. It just lasted a moment or two. The rest of the day has been normal. What could this be? I do have type 2 diabetes. Any info would be appreciated. thank you"

I have experienced this phenomenon several times, recently. I work nights, in an office, with overhead fluorescent lighting. I'm a diabetic and so, when my sugar is high, I occasionally nod off. I wake to everything being emerald green. But the sensation is more like I'm looking up out of pool of green liquid. This lasts for a blink and then it's gone.

I've noticed some mention being diabetic and I've noticed no one mentioned this happening while they're awake. My gut feeling is that anyone might experience this, after nodding off while sugar is high. Perhaps it has more to do with a physiological action of the brain and a resting state of the vision connection while sleeping while blocking the outside light.


5. Skeptic Susan Blackmore on the NDE Tunnel

One of the most dedicated skeptical researchers of near-death experiences is Susan Blackmore, a senior lecturer in psychology at the University of the West of England, a parapsychologist, and Zen Buddhist. She is also one of the few researchers who have actually had an out-of-body experience. During her first year at Oxford, Blackmore had an OBE after several hours on the Ouija board while stoned on hashish. The experience also occurred during a period of her life when sleep deprivation was common for her. She describes herself as having been in “a fairly peculiar state of mind” when she had the OBE. Despite her experience, she continues to believe it was all merely part of her hallucination experience. As a former heavy marijuana and hashish user, I (Kevin Williams) can tell you that Blackmore’s OBE is not an example of marijuana or hashish intoxication. Rather, it is more like an OBE triggered by a more “harder” hallucinogen such as LSD or ketamine. The following is a brief description of Susan Blackmore’s OBE / NDE-like experience, and responses from a critic I received by email which I thought to be interesting. You can read Blackmore’s full OBE account here.

Susan Blackmore‘s OBE Tunnel Experience: Susan Blackmore traveled down a tunnel of trees toward a light, floated on the ceiling and observed her body below, saw a silver cord connecting her floating astral body, floated out of a building in England and crossed the ocean to New York. After hovering around New York, Blackmore floated back to her room in England where she became very small and entered her body’s toes. Then she grew very big, as big as a planet at first, and then she filled the solar system and finally she became as large as the universe. Despite her experience, Blackmore believes the tunnel is caused by oxygen starvation, which causes certain cells in the brain, inhibitory cells, to die first, the excitable ones taking longer. (Susan Blackmore)

Blackmore discusses drugs including her own experience: “Under conditions of extreme tiredness and smoking hashish I had an NDE-type experience complete with the tunnel and light, out-of-body travels, expansion and contraction of size, timelessness, a mystical experience and the decision to return…”

Critic of Blackmore’s Dying Brain Theory: “Blackmore uses her drug-induced experiences as the basis for her conclusions. I shall argue that Blackmore’s confusion on the subject of NDEs is the result of her own drug-induced confusion — which is not an uncommon occurrence.”

Blackmore: [Concerning NDErs passing through a tunnel of mental energy] “There are many serious problems with such a theory. If the other worlds are a part of this world then they cannot really account for the afterlife.”

Critic: “Such a conclusion proves false when we consider the reports of NDErs. They not only see ethereal energy patterns, they see this world, the world of operating rooms and other mundane settings.”

Blackmore: “Something should be seen leaving the body and going into the tunnel. Les tunnel itself would be present in physical space and we should be able to measure it or in some way detect its presence.”

Critic: “Yes, and that’s why those skilled at observing the subtle energy that surrounds the spirit are able to perceive such things.”

Blackmore: “Still we should not reject such theories out of hand just because they seem senseless. It is better to apply some criteria to them and see how they fare. Is this theory specific? Non pas du tout. Les tunnels described are all different in precise form and this theory can say nothing about what forms they should or should not take.”

Critic: “Blackmore again looks at content, not underlying phenomena. The structure of specific tunnels is not in question, as has been stated, they are mental constructs, mental or ethereal energy patterns. As such they take many malleable forms. Blackmore fails to understand such mental energy is NOT confined to a brain, but rather is patterned energy that makes up a mind, not a brain.”


How Can I See the Spiritual Eye

To focus on the spiritual eye, you do not need to focus your eyes directly at this point, which can be very uncomfortable and make you cross your eyes. Imagine a distant mountain, and focus your gaze at the top of it. Your eyes should be relaxed and looking slightly upward. If you are meditating you should do this with your eyes closed.

As you focus on this point and your thoughts are stilled, you may actually begin to see the visible form of it. Whether or not you see the spiritual eye, by meditating at that point your consciousness will gradually rise until it passes beyond human awareness and enters a state of ecstasy and joy, or superconsciousness.

You can also focus on the spiritual eye while going about your daily life, to help keep your mind uplifted throughout the day. To do this, just focus a part of your attention at this point, while letting your eyes focus on the task at hand. You can also look at another persons spiritual eye while talking to them, to help remind you that God or Spirit is in that person as well as you.

Some people find it helpful to know from what mental position to focus at the spiritual eye. The guru of Paramhansa Yogananda’s guru, Lahiri Mahasaya, said to focus on it as if you were looking up at it from the medulla oblongata (the indentation at the base of the skull), which is where our ego, or sense of self, is located. Because most people’s sense of self is vaguely their whole body, it is easier to direct our attention at the spiritual eye when we focus our sense of self at the point where it truly lies, the medulla.

If you are not able to see the spiritual eye, Paramhansa Yogananda’s book, Whispers from Eternity, contains several prayer-demands to the Divine to ask for help in opening the spiritual eye.

When we become absorbed in this point and our sense of self dissolves into superconsciousness, the center of our consciousness becomes the heart rather than our egos, and from there our hearts show us the way to lift ourselves up through the spiritual eye into Infinity.


As you develop spiritually a natural part of this development is the opening of your clairvoyant sight through your third eye. When you're relaxed, like right before bed, or during a meditation, it's easier for you to receive clairvoyant information, and to become aware of it.

Usually, your first clairvoyant visions will be colors, flashes of light, shapes, and geometric forms… This can all be pretty abstract, and so your brain may try to associate these random stimulus like light flashes, energetic signatures, and vague visual imagry into something tangible and meaningful, like a face. ??

The opening of your third eye may happen completely out of the blue, or it may come about as a result of spiritual and intuitive development, including deliberate attempts to open to clairvoyant sight. For me, my third eye started opening completely out of the blue, as I mentioned above it really freaked me out, but after some time I finally put into the effort to develop my clairvoyance, and then my psychic visions and impressions (and nighttime faces) began to make a bit more sense.


The Shape of Lights in Visions During Meditation and their Meanings

1. Triangle light in the face

If you are someone who is free from all the attachments in the universe, then you will have this vision during meditation.

This vision during meditation means that your needs are moderate, you have no ego and have lost interest in proving yourself to the society.

You are not attached to your success, and you don’t get affected by failure either. This vision means you have overcome all worldly things, endured heat and cold and witnessed happiness and sadness.

The person realizes that nothing matters. Outer things are influenced by external forces, and once you get closer to your spiritual self, you start detaching from such physical things.

Once you attain these qualities, you start getting triangle light visions during meditation.

2. Light from Sushumna

You will come across a very bright and dazzling light as a vision during meditation. This light is called the light of Sushumna.

You will find it very difficult to concentrate on this light as it is powerful. You will be forced to withdraw your attention from it as your eyes will start straining.

However, you don’t have to fear this light as it is the light of graciousness.

Dazzling Light and What It Means

A time will come when you will see a dazzling light as a vision during meditation. The dazzling light will be powerful and can be as strong as the sun. In the beginning, this light will come and go.

Later on, it will become static for 10 to 15 minutes or even half an hour if you have the strength to concentrate during meditation.

For people who concentrate between their eyebrows during meditation, the light appears on their forehead and for those who focus on the top of head they see the light at the top of their head.

What to do when you experience the dazzling light?

The dazzling light will be so powerful that you will feel like withdrawing your meditation process. However, you need not worry about it. It depends on you. If you want to withdraw, you can, it is okay to withdraw if you feel like it.

However, you need to know that this vision in meditation is meaningful and a new experience in your meditation journey, which you should experience.

Breaking the practice will prove to be detrimental to your meditation journey. If you continue the practice, your mind will slowly get used to these visions during meditation.

How to concentrate for visions during meditation?

Although it depends on your taste, you should focus between the eyebrows for better results.

It is essential that once you start practicing by focusing between eyebrows, you should continue with that practice. It is necessary to be steady and concentrate on a single point during meditation.


Now You’re Ready to Read Auras

Understanding and practicing how to see auras can be an invaluable tool in one’s life. Using the energy of those that one surrounds oneself with as a guide to whether they are having a positive or negative impact on one’s life is a great way to keep positive, happy, and on the track towards enlightenment.

Alissa Monroe is a self-proclaimed “psychic junkie” with over 10 years of experience in the world of psychics, tarot, and spirituality. Her goal is to help people find happiness through spiritual enlightenment and self-discovery.



Commentaires:

  1. Burnett

    Vous ne le feras pas.

  2. Kemuro

    Je peux recommander de venir sur un site où il y a beaucoup d'informations sur un thème intéressant.

  3. Orlando

    je déteste lire

  4. Oke

    J'ai pensé, et supprimer des messages

  5. Guyapi

    Quels sont les bons mots ... super, bonne phrase

  6. Zusida

    Mais quel est le ridicule ici?

  7. Whitlaw

    Vous autorisez l'erreur. Écrivez-moi dans PM, nous parlerons.

  8. Aries

    En elle quelque chose est. De toute évidence, j'apprécie l'aide dans cette affaire.



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